某建筑公司（以下称乙方）承建的某建设单位（以下称甲方）１、２、３号厂房三个单体工程。工程完工后，经甲、乙双方验收，其中１号厂房不合格。但该１号厂房的不合格属于主体结构的不合格，且如要返修，必须得将１号厂房拆除重建。在此情况下，乙方根据设计单位的意见对１号厂房进行了加固处理。但按国家的验收规范仍然属于不合格的范围。为此，甲方拒绝验收，但已经使用了该厂房。

　　现乙方要求甲方支付剩余工程款，出现了以下几种意见：

　　一、可以要求支付，其理由是：根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十三条规定：“建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。”认为甲方已经使用了该建筑，应当视为验收合格。

　　二、不应当支付，其理由是：根据该司法解释第十六条第三款规定：“建设工程施工合同有效，但建设工程经竣工验收不合格的，工程价款结算参照本解释第三条规定处理。”第三条则规定：“第三条　建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理： （一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持； （二）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。 ”

　　三、应当部份支付，其理由是：因为三个单体中，２、３号厂房经验收是合格的，而剩余工程款无法认定属于哪一个单体，因此，应当按经验收合格的工程的合同价款比例来支付。
　　本人同意第三种意见。