很多公司不要求员工在考勤表和工资单上签字确认，岂不知忽略了这点小细节却容易出现大问题，最常见就是关于加班费。裁判者一般会要求用人单位出示考勤表和工资单，来核实劳动者是否存在加班情形以及用人单位是否足额发放加班费。如果用人单位提交的是没有经过员工确认的考勤表和工资单，劳动者对这样的证据又不认可时，很可能判定支持劳动者的请求。另一类常见的争议是关于年假工资。尤其是在用人单位统筹安排年休假的情况下，考勤记录是证明劳动者已休年假的最直接证明，如果考勤表缺少员工的确认，劳动者又否认休假情况时，用人单位很难提交其他证据证明劳动者已休完年假的事实，那用人单位很可能被判另行支付未休年假工资。
在一般民事案件中，依据“谁主张，谁举证”的证据规则，原告对自己提出的请求和事实，应当提供相应证据予以证明。然而考虑到在劳动者与用人单位发生的劳动争议中，往往劳动者在证据取得方面处于劣势，所以在劳动争议案件由用人单位负举证责任。同时明确规定，只要员工能证明用人单位实施了考勤制度的，劳动者的考勤记录、工资单都由用人单位负责提供。
关于用人单位的考勤管理和工资支付问题，国家劳动部人事和社会保障部和许多地方政府已经做出了较为详细的规定。例如，劳动部《工资支付暂行规定》第七条规定，用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。
建议用人单位严格遵守相关法律法规的规定，建立健全关于考勤管理和工资支付的各项规章制度，包括劳动者定期对工资单、考勤表的签字确认制度，明确加班审批制度和流程等。
规章制度完备后，用人单位还需要注意进行相关文件、表单的收集和归档，要注意留存相应的纸质的书面资料，以及要求劳动者本人签名确认，以免在可能发生的劳动纠纷中承担举证不能的不利后果。