单独就国有划拨土地上的房屋设立抵押的效力问题，无论是理论界还是司法实务界都存在不同的认识。

第一种观点认为，根据《城市房地产管理法》第51条规定，“设定房地产抵押权的土地使用权是以划拨方式取得的，依法拍卖该房地产后，应当从拍卖所得的价款中缴纳相当于应缴纳的土地使用权出让金的款额后，抵押权人方可优先受偿。”这实际是认可了划拨土地使用权在司法实践中的可执行性，房屋抵押行权后划拨土地使用权也在缴足土地出让金的前提下被动行权，此时国有资产得到了应有的价值衡量和回报。

第二种观点认为，此种房屋抵押合同有效，只是在行使该房屋抵押权时需要经过土地管理部门批准；未经土地管理部门批准的，不得行使抵押权。因为，该种作法并不影响国家对于划拨土地使用权的特别管理，不违反《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第44条、第45条的规定。

第三种意见认为，《担保法》第36条第1款规定，“以依法取得的国有土地上的房屋抵押的，该房屋占用范围内的国有土地使用权同时抵押”。据此，法律并没有对划拨土地予以特殊规定，土地使用权的取得方式并不影响房屋抵押效力。在房屋抵押合同不违背当事人真实意思情况下，应认定为土地使用权与房屋一并抵押，可以就土地使用权与房屋一并实现抵押权。否则，认定已经合法登记的房屋抵押无效，将有损政府公信力，并严重损害债权人利益。

根据《国家土地管理局关于土地使用权抵押登记有关问题的通知》第2条第1项和《城市房地产管理法》第51条的规定，以国有划拨土地使用权抵押，与以出让方式取得的土地使用权抵押不同，不能完全由当事人意思自治来决定，对于出让土地，因土地使用权人已向国家交付了土地出让金，得到了国家授权处分土地的权利，可以自由转让或设置担保物权。而国有划拨土地使用权的性质不同，国家只是将土地的使用权无偿地划拨给使用者使用，使用者只有使用的权利，没有得到处分的权利，因此，要处分该土地使用权时则要体现国家的意志，主要是通过审批程序来决定是否同意对国有划拨土地使用权进行抵押。对于设定抵押这种物权处分行为，只有经过有权批准机关的审批，才属于有权处分，才能产生法律效力。如果未经相关权力机关批准，则属于无权处分，不发生法律效力。通常情况下，以国有划拨土地使用权抵押必须符合两个条件，一是必须与地上建筑物一同抵押，需要抵押人委托具有土地估价资格的中介机构进行地价评估，经土地管理部门确认并批准抵押，核定出让金数额后，由抵押人与抵押权人签定抵押合同。二是如果没有按规定的要求缴纳土地出让金的，在实现抵押权时，从拍卖或变卖所得的价款中缴纳相当于应当缴纳的土地使用权出让金的款额后，抵押权人方能优先受偿。国土资源部2004年1月14日发布的《关于国有划拨土地使用权抵押登记有关问题的通知》最终确认，对于以划拨土地进行抵押的，只要到土地行政管理部门办理了抵押登记，则视为经过审批，抵押合同有效成立。但是该通知并未明确在划拨土地使用权抵押经过了审批但未进行登记时的效力，有待于相关法律法规进一步明确。因此，以划拨土地进行抵押的，抵押登记时土地行政管理部门会进行审查，可认定登记视同于审批；而对于经过了审批但未进行登记的情形，由于审批的文件一般并不对外公开，难以产生登记的公示作用和公信力。根据《物权法》第9条第1款规定，“不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。”因此，一般情况下，经过审批但未办理登记的，可视为抵押权的设立尚未发生法律效力。