《商品房买卖合同》及《合同补充协议》未违反法律、行政法规的禁止性规定，合法有效，双方当事人均应按照合同约定履行各自的义务。陈X依约交纳了全部购房款所购及相关代办证费用，按双方合同约定，西航XX应履行向当地房屋权属登记机构办理房屋所有权初始预登记并协助陈X办理房屋权属登记的义务。现因陈X所购买的房屋所在小区存在部分业主（包括陈X本人）将南北两侧阳台进行封包及违章搭建行为，导致该小区的建设工程规划条件核实意见书无法出具，亦无法办理相关权属登记手续。但西航XX并不能因此免除合同约定的相关权属登记义务，陈X在拆除违章搭建物后仍可要求西航XX办理相关权属登记。因此，西航XX应于陈X拆除违章搭建物之日起90日内代为办理房屋所有权初始预登记并协助陈X办理房屋权属登记。

关于逾期办证违约金，因陈X在内的部分业主违法封包导致案涉小区的建设工程规划条件核实意见书无法出具。根据平潭综合实验区不动产登记中心复函，首次登记必须提供建设工程符合规划的材料，包括建设工程规划许可证和建设工程规划条件核实意见书。若规划局在规划核实时发现建筑实地勘测与审批的建筑施工图不一致，未予通过规划核实的，就无法予以办理权属登记，故陈X对案涉房屋无法办理相关权属登记存在一定过错。另，陈X作为完全民事行为能力人，其自愿签订《承诺书》“若因此改动而引起消防的验收不过关、产权出证等一切责任问题由本人承担，并在第一时间给予修复，与物业公司和开发商无关”。故陈X主张西航XX支付逾期办证违约金缺乏事实及法律依据，本院不予支持。

综上所述，西航XX应于陈X拆除违章搭建物之日起90日内代为陈X办理房屋所有权初始预登记并协助陈X办理房屋权属登记，对陈X主张的逾期办证违约金本院不予支持。依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条规定，判决如下：

一、平潭XX公司应于陈X拆除违章搭建物之日起90日内代陈X办妥坐落于西航海滨城二期CD区**幢**号商品房的所有权初始预登记并协助陈X办理上述房产的不动产权属登记手续；

二、驳回陈X其他诉讼请求。

案件受理费3599元，减半收取计1799.5元，由陈X负担。

如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于福州市中级人民法院。