厦门知识产权法庭为厦门市中级人民法院内设专门审判机构，跨区域管辖发生在厦门市、漳州市、泉州市、龙岩市辖区内的专利、植物新品种、集成电路布图设计、技术秘密、计算机软件、涉及驰名商标认定及垄断纠纷的第一审知识产权民事和行政案件；发生在厦门市辖区内除基层人民法院管辖范围之外的第一审知识产权民事、行政和刑事案件；不服厦门市辖区内基层人民法院审理的第一审知识产权民事、行政和刑事案件的上诉案件。

福州知识产权法庭为福州市中级人民法院内设专门审判机构，跨区域管辖福州市、南平市、宁德市、莆田市、三明市和平潭综合实验区辖区内的专利、植物新品种、集成电路布图设计、技术秘密、计算机软件、涉及驰名商标认定及垄断纠纷的第一审知识产权民事和行政案件；管辖发生在福建省福州市辖区内除基层人民法院管辖范围之外的第一审知识产权民事、行政和刑事案件；以及管辖不服福建省福州市辖区内基层人民法院审理的第一审知识产权民事、行政和刑事案件的上诉案件。