人民法院在受理工伤认定行政案件后发现职工或者用人单位对是否存在劳动关系发生争议，在处理方式上应当区分情况分别对待。第一种情况是，职工和用人单位对是否存在劳动关系发生争议，提起行政诉讼前已经申请劳动仲裁或者提起民事诉讼的，人民法院应当中止正在审理的工伤认定行政案件；第二种情况是，职工和用人单位对是否存在劳动关系发生争议，没有申请劳动仲裁或者提起民事诉讼的，人民法院可以在审理工伤认定行政案件时一并对是否存在劳动关系进行审查。

主要考虑到，劳动行政部门在工伤认定程序中，具有认定受到伤害的职工与企业之间是否存在劳动关系的职权。社会保险行政部门在工伤认定程序中已经对是否存在劳动关系作出了判断，进入行政诉讼程序后，人民法院可以对社会保险部门就是否存在劳动关系的认定进行审查，职工或者用人单位无须就是否存在劳动关系另行申请劳动仲裁或者提起民事诉讼。另外，效率和便民问题也是处理方式选择上的重要考量因素。社会保险法第三十六条第二款规定，认定程序应当尽可能简便。如果社会保险行政部门已对是否存在劳动关系作出了判断，在行政诉讼中再要求原告或者第三人另行申请劳动仲裁或者提起民事诉讼，中止行政诉讼，必然会因繁多的程序导致效率低下，往往耽误了受伤职工及时的治疗和康复，也导致在实践中很多劳动者因程序繁杂而放弃申请工伤认定或者匆忙和用人单位达成不平等的协议，造成更多的社会矛盾，不利于职工权益保护。一并进行审查，有利于防止用人单位因工伤认定对己不利时，故意就是否存在劳动关系申请劳动仲裁或者提起民事诉讼，借此拖延行政案件的审理，损害工伤职工合法权益。同时，鉴于劳动法、劳动争议调解仲裁法和民事诉讼法有关“申请劳动仲裁或者提起民事诉讼”的规定，人民法院发现原告或者第三人在提起行政诉讼前已经就是否存在劳动关系申请劳动仲裁或者提起民事诉讼的，应当依法中止工伤认定行政案件的审理。