种子质量的高低直接关系到农业生产的安全、农民的收成和农村社会的稳定。但由于目前种子经营存在销售点多、品种繁杂、规格不一、质量参差不齐以及还存在制售假劣种子和不规范经营行为等现象，当种子经营者和种子使用者之间发生种子质量纠纷时，应遵照《种子法》、《消费者权益保护法》的规定，通过以下途径解决种子质量纠纷。

1.协商和解如果发生种子质量纠纷，种子使用者要立即取证，将留存的种子及包装袋和发票(收据)妥善保管，对种植的农作物的田间要取样、拍照或录像，这是处理种子质量纠纷最重要的证据。然后与种子经营者交涉，双方要就发生的问题进行认真地分析，明确双方责任，如双方达成协议，与种子经营商和解。

2.申请调解当种子经营者和使用者无法协商和解时，双方或一方向当地农业行政主管部门或消协等部门提出申请调解。做到：①对留有样种的，有关部门委托有种子质量鉴定权限和资质的种子质量检测单位依照国家相关标准，采取合法程序进行种子质量检验，并出具具有法律效力的检验报告，管理部门依此依法进行处理;②对没有留样种的，可由管理部门组织专家进行现场鉴定;③对既没有留样种又没有现场可供鉴定的，可遵循自愿、平等、诚实信用的原则进行协商调解。

3.仲裁起诉种子经营者和使用者不愿通过协商、调解解决或者协商、调解不成的，可以根据种子经营者和使用者之间的协议向仲裁机构申请仲裁。种子经营者和使用者也可以直接向人民法院起诉。

相关规定： 《种子法》第四十一条：种子使用者因种子质量问题遭受损失的，出售种子的经营者应当予以赔偿，赔偿额包括购种价款、有关费用和可得利益损失。

经营者赔偿后，属于种子生产者或者其他经营者责任的，经营者有权向生产者或者其他经营者追偿。