股权转让中第三人通过善意取得制度最终取得股权后，受让股东的权益就不复存在，受让股东因此遭受的权益损失，亦应进行保护。《公司法解释（三）》第27条第2款规定：“原股东处分股权造成受让股东损失，受让股东请求原股东承担赔偿责任、对于未及时办理登记有过错的董事、高级管理人员或者实际控制人承担相应责任的，人民法院应予支持；受让股东对于未及时办理变更登记也有过错的，可以适当减轻上述董事、高级管理人员或者实际控制人的责任”。根据上述规定，股权转让协议生效后，如果因为没有进行公司变更登记，股权被第三人善意取得的，受让人可以根据不同情况追究有关人员的责任。

  一、原股东的损害赔偿责任

 股权转让协议生效后，原股东有义务协助受让股东办理公司变更登记以保护受让方的利益。但如果原股东不但没有履行其合同义务，反而恶意再次转让已经转让的股权，侵犯受让方的权益的，应承担相应的损害赔偿责任。

  二、公司不作为的侵权赔偿责任

  受让人持股权转让合同及转让人交付的股权证书请求公司协助进行股东变更登记。《公司法》第31条规定，有限责任公司成立后，应当向股东签发出资证明书；第32条规定，有限责任公司应当置备股东名册，办理公司登记机关的股东登记，这两条规定是公司的法定义务。如果公司拒不履行其法定义务，则负有停止侵害、履行变更登记的责任，其不登记行为造成受让人经济损失的，还应承担相应的损害赔偿责任。

  三、董事、高级管理人员的赔偿责任

  《公司法》第152条规定：“董事、高级管理人员违反法律、行政法规或者公司章程的规定，损害股东利益的，股东可以向人民法院提起诉讼。”董事、高级管理人员管理着公司，负责处理公司的日常工作，如果其不及时履行代表公司向登记机关申请办理变更登记、提供相应的材料，则对于股权受让方负有过错，对于由此造成的损害，就应当承担赔偿责任。

  四、实际控制人的损害赔偿责任

  根据《公司法》第216条规定，实际控制人是指虽不是公司股东，但通过投资关系、协议或其他安排，能够实际支配公司行为的人。《公司法》第21条只规定了实际控制人利用关联交易损害公司利益时对公司的赔偿责任，现实中实际控制人利用对公司的控制力，不仅可能损害公司利益，也可能直接损害公司股东的利益，对此《公司法解释（三）》第27条增加了实际控制人的赔偿责任。

  公司实际控制人作为公司的实质控制者，通过滥用控制权阻止公司为股东办理变更登记，这种行为损害了受让股东的利益，实际控制人对其损害受让股东权益的行为应当承担赔偿责任。公司实际控制人滥用控制权的侵害行为一般都是通过公司及董事、高管的不作为行为实现的，其应当与公司以及董事、高管等共同为股权受让方的利益损害承担连带责任，实际控制人不能以该行为并非其实施进行抗辩。

  五、受让人有过错应当减轻原股东、董事‘高级管理人员及实际控制人的责任

  未及时办理公司变更登记而造成受让人利益损失的，如果受让人自己对未办理公司变更登记存在过错的，根据民法中的过失相抵的制度，应当由受让方根据其过失程度承担相应的损害后果，此时应减轻原股东、董事、高级管理人员以及实际控制人的责任。