首先，在犯罪的客观方面，虽然都有非法集资的共同外在表现形式，但集资诈骗罪的行为人必须以实施虚构事实、隐瞒真相的诈骗方法，作为构成要件之一，而非法吸收公众存款罪则不以行为人是否使用了诈骗方法作为必备要件，而且行为人通常在吸收存款或者募集资金时，虽有可能实施虚构事实、隐瞒真相的行为，但不会掩盖其营利的主观意图。

其次，在主观方面，两者的犯罪目的不同。集资诈骗罪的犯罪目的是非法占有向社会公众吸收募集的资金，而非法吸收公众存款罪的犯罪目的则是希望通过吸收公众存款的方式筹集资金进行营利，在主观上并不具有非法占有公众存款的目的，犯罪目的是二罪最为本质的区别所在。

再次，筹集资金的目的和用途不同。非法吸收公众存款罪中，向社会筹集资金是为了生产经营，且实际上全部或者大部分资金也是用于生产经营。而集资诈骗罪向社会公众筹集资金的目的大部分是用于个人挥霍、偿还债务或者用于单位或者个人的拆东墙补西墙。

最后，案发后的偿还能力不同。如果案发后行为人具有偿还能力，并且积极筹集资金实际偿还了全部或者大部分资金，则一般定性为非法吸收公众存款罪。如果案发后行为人没有偿还能力，并且全部或者大部分资金没有实际偿还，则可以推定具有集资诈骗的主观目的。