已经登记的宅基地使用权转让或者消灭的，应当及时办理变更登记或者注销登记。宅基地使用权作为一项用益物权，同样需要登记以向公众公示其权利状态。但与土地承包经营权和建设用地使用权不同的是，对于宅基地使用权的取得，我国采用申请分配取得，因此村民获得宅基地使用权必须先经有权部门审批，这就意味着宅基地使用权取得无须适用登记生效。
虽然宅基地的取得无须村民自行办理登记，但根据本条规定，宅基地使用权的转让或消灭，应进行变更登记和注销登记。只规定“已经登记的宅基地使用权转让或者消灭的，应当及时办理变更登记或者注销登记”。并未明确登记是否为宅基地使用权转让或者消灭的成立要件。不进行转让和消灭登记，就不发生宅基地使用权转让和消灭的法律后果的观点。
如果因为未及时办理登记而造成相对人损失的，义务人应当承担损害赔偿责任。申请宅基地等集体土地上的建筑物区分所有权登记的，参照国有建设用地使用权及建筑物区分所有权的规定办理登记。非本农民集体成员因扶贫搬迁、地质灾害防治、新农村建设、移民安置等按照政府统一规划和批准使用宅基地的，在退出原宅基地并注销登记后，依法确定新建房屋占用的宅基地使用权。
1982年《村镇建房用地管理条例》实施前，非农业户口居民（含华侨）合法取得的宅基地或因合法取得房屋而占用的宅基地，范围在《村镇建房用地管理条例》实施后至今未扩大的，可按实际使用面积予以确权登记。1982年《村镇建房用地管理条例》实施起至1999年《土地管理法》修订实施时止，非农业户口居民（含华侨）合法取得的宅基地或因合法取得房屋而占用的宅基地，按照批准面积予以确权登记，超过批准的面积在登记簿和权属证书附记栏中注明。
农村妇女作为家庭成员，其宅基地权益应记载到不动产登记簿及权属证书上。农村妇女因婚嫁离开原农民集体，取得新家庭宅基地使用权的，应依法予以确权登记，同时注销其原宅基地使用权。农民进城落户后，其原合法取得的宅基地使用权应予以确权登记。
