人民法院审理行政案件，原则上不适用调解的原因包括：一是行政诉讼是人民法院审查具体行政行为的合法性问题，行政行为是否合法没有调解的余地；二是调解以双方当事人能自行处分自己的实体权益为前提，但行政机关是代表国家、以国家名义实施其行为的，行政机关不能自行任意处分自己的实体权益，从而行政争议缺乏调解的基础；三是行政争议由于发生在不平等的双方当事人之间，如对双方调解，行政机关在调解中可能利用权力压制对方当事人使其屈服，也可能通过牺牲国家、社会利益来与对方当事人达成协议，以避免对簿公堂中对方当事人指控自己的违法行为而可能出现的尴尬局面；四是不适用调解，不排除法院在公开审理前或公开审理中向当事人双方宣传法律政策，从而也不排除法院允许原告在认识到其指控不当后撤诉和允许被告在认识到其行为违法不当后改变原具体行政行为以及原告同意后撤诉。但是刚性判决并不是解决行政争议的唯一手段。由于违法或合法的单一判决模式与行政活动高度复杂性相比，存在着固有局限性，所以一味地进行刚性裁判，不仅不能彻底地解决矛盾纠纷，还可能激发更大的矛盾，导致“案结事未了”的情形。久而久之会造成公民对于行政诉讼的期待值下降，行政裁判的公信力不足等问题。
随着社会多元化、复杂化以及城市飞速发展引发的社会矛盾纠纷的激增，人民法院如果能在查清事实，分清是非的基础上，引导双方当事人互谅互让，对于快捷、妥善、彻底地平息纠纷、化解矛盾具有十分重要的意义。因此，在行政诉讼中适当引入调解，不仅有利于妥善处理行政争议，还可以增进当事人与行政机关的相互理解和信任。故《行政诉讼法》规定行政赔偿、补偿以及行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权的案件可以调解。遇到拒绝履行调解书的情形，也可以申请人民法院强制执行或者由行政机关依法强制执行。《行诉解释》也进一步对人民法院审理行政案件径行调解的情形作出了规定。二、行政赔偿、补偿案件可以调解
补偿与赔偿系两种法律制度，前者系以国家合法行为为基础的损失补偿，后者乃是以违法行为为基础的损害赔偿。对于行政赔偿诉讼适用调解的问题，高家伟教授认为：“行政赔偿诉讼可以适用调解的主要原因是诉讼客体是受害人的个人权利即取得国家赔偿的权利，这种权利都具有可以自由处分的性质，只要不违反法律，损害他人权益，任何人不得干预。另外，对如何赔偿，赔多赔少，行政机关也有一定的裁量权。这是行政赔偿诉讼可以适用调解的基础。”行政补偿同样如此，对于受害人来说，无论是取得国家赔偿，还是取得国家补偿，这种权利都具有可以自由处分的性质，并无二致。
此外，《国家赔偿法》还专门对赔偿决定中的协商程序作出规定。《国家赔偿法》规定：“赔偿义务机关应当自收到申请之日起两个月内，作出是否赔偿的决定。赔偿义务机关作出赔偿决定，应当充分听取赔偿请求人的意见，并可以与赔偿请求人就赔偿方式、赔偿项目和赔偿数额依照本法第四章的规定进行协商。”该协商程序也可以是一个独立的国家赔偿解决程序，具有相对的独立性。这种相对的独立性主要体现在赔偿请求人和赔偿义务机关在经过协商之后，可能最终作出一个经过双方合意、体现双方意志的赔偿决定，也可以作出一个体现双方意志的赔偿协议。三、行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权的案件可以调解
除去行政赔偿、补偿案件，可以调解的案件类型事实上只有行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权的这一种情形。这是由行政诉讼调解的有限原则所决定的。有限原则是指行政诉讼调解的适用范围是有限的。因为从法律赋予权力的角度看，行政机关并非对任何行政行为和任何事项都有处分权。而且，如果不对行政诉讼调解的范围作出限制，有可能导致诉讼调解的滥用，从而影响行政诉讼立法宗旨的实现。
法律规定中在自由裁量权之前加上“法律、法规规定的”定语，是因为行政机关的自由裁量事项应当由立法机关所明文规定。至于如何判断行政机关就某一事项具有裁量权，“在具体案件中应当根据有关法律规范予以确定。从法律技术来看，裁量授权有时通过明示的‘裁量’，但多数情况下是通过诸如‘可以’、‘得’、‘有权’等术语。有时，裁量也可能产生于法律规则的总体关联点”。
