行政许可费用具有财政约束性、主体分担性和法定规制性三大特征。
（一）财政约束性
行政许可费用是行政许可正常进行的必要保障。所谓财政约束性，是指行政许可费用均应当纳入国家财政收支范围，受国家财政制度的规范和制约。一方面，行政许可费用中的行政许可经费由行政机关列入财政预算，成为财政支出的一部分；另一方面，行政许可费用中的行政许可收费必须全部上缴国库，成为财政收入的一部分。无论是行政许可经费，还是行政许可收费，均在国家财政之列。
（二）主体分担性
主体分担性是指行政许可费用在行政许可行为涉及的行政机关和行政相对人两大主体间进行分配负担的特征。由行政机关承担的行政许可费用称为行政许可经费，由行政相对人承担的行政许可费用称为行政许可收费。需要强调的是，行政许可费用是《行政许可法》使用的一个概括性的法律用语，无论是在学理探讨中，还是在实务操作中，既不能因为行政许可中存在乱收费的现象，就简单地将行政许可费用与行政许可收费画等号；也不能因为行政许可经费已纳入财政预算，就不再将其作为行政许可费用来看待。
（三）法定规制性
行政许可费用具有鲜明的法定规制性。无论是行政许可经费，还是行政许可收费，都受法律法规的强制性制约和规范，不得在法律法规规定之外列支行政许可经费，也不得在法律法规规定之外进行行政许可收费。一方面，行政许可经费既要按照《行政许可法》的明确规定列入实施行政许可的行政机关本级财政预算，又要遵守《预算法》有关预算和决算的编制、审查、批准、监督以及预算的执行和调整等的规定，做到依法列支行政许可经费。另一方面，行政许可收费要严格按照《行政许可法》的规定收取，实施任何行政许可收费必须有明确的法律、行政法规依据，应当公布并严格执行法定收费项目和收费标准，不得在法律、行政法规规定之外滥设项目，随意设定收费标准，超范围超标准胡乱收费。
