被征收人认为市、县级人民政府作出的房屋征收决定或房屋补偿决定侵犯了他们的合法权益的，可以向行政复议机关提起行政复议，不服行政复议决定的，可在行政复议决定作出后15日内向人民法院提起诉讼，也可以直接向人民法院提起行政诉讼。同时，市、县级人民政府不依法履行、未按照约定履行或违法变更、解除房屋征收补偿协议的，被征收人也可以直接提起行政诉讼。被征收人已经向人民法院提起行政诉讼，人民法院依法受理了的，不得申请行政复议。
被征收人提起行政诉讼，以相应的市、县级人民政府为被告，应由所在地的中级人民法院管辖。同时，除被征收人外，认为与上述行政行为有利害关系的公民、法人或其他组织，也可以依法提起行政诉讼。有权提起诉讼的公民死亡，其近亲属可以提起诉讼；有权提起诉讼的法人或其他组织终止，承受其权利的法人或其他组织可以提起诉讼。如果先行经过了行政复议，复议机关决定维持原行政行为的，作出原行政行为的市、县级人民政府和复议机关是共同被告；复议机关改变原行政决定的，复议机关是被告。复议机关在法定期限内未作出复议决定，公民、法人或其他组织起诉原行政行为的，作出原行政行为的市、县级人民政府是被告；起诉复议机关不作为的，复议机关是被告。
起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提交副本；书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，出具注明日期的书面凭证，并告知对方当事人。人民法院认定符合起诉条件的，应登记立案；不符合起诉条件的，则应作出不予立案的裁定。立案后，除非涉及国家秘密、个人隐私和法律另有规定的，人民法院应当公开审理。在诉讼期间，原行政行为一般不停止执行，除非被告认为需要停止执行，或原告或者利害关系人申请停止执行并获得法院认可，或人民法院认为继续执行会给国家利益、社会公共利益造成重大损害，或法律、法规规定停止执行的。人民法院依法审理后，应根据以下规定作出判决。
第一，行政行为证据确凿，适用法律、法规正确，符合法定程序的，或原告申请被告履行法定职责或给付义务理由不成立的，人民法院应当判决驳回原告的诉讼请求。
第二，行政行为有下列情形之一的，人民法院应当判决撤销或部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为：（1）主要证据不足的；（2）适用法律、法规错误的；（3）违反法定程序的；（4）超越职权的；（5）滥用职权的；（6）明显不当的。
第三，人民法院经过审理，查明被告不履行法定职责的，应当判决被告在一定期限内履行。第四，人民法院经过审理，查明被告依法负有给付义务的，如应予以补偿而未补偿，应当判决被告履行给付义务。第五，行政行为有下列情形之一的，人民法院应判决确认违法，但不撤销行政行为：（1）行政行为依法应当撤销，但撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的；（2）行政行为程序轻微违法，但对原告权利不产生实际影响的。行政行为有下列情形之一，不需要撤销或判决履行的，人民法院应当判决确认违法：（1）行政行为违法，但不具有可撤销内容的；（2）被告改变原违法行政行为，原告仍要求确认原行政行为违法的；（3）被告不履行或拖延履行法定职责，判决履行没有意义的。
第六，行政行为有实施主体不具有行政主体资格或没有依据等重大且明显违法情形，原告申请确认行政行为无效的，人民法院应当判决确认无效。人民法院判决确认违法或无效的，可以同时判决责令被告采取补救措施；给原告造成损失的，应当依法判决被告承担赔偿责任。
第七，被告不依法履行、未按照约定履行或违法变更、解除房屋征收补偿协议的，人民法院应判决被告承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等责任。被告变更、解除房屋征收补偿协议合法，但未依法给予补偿的，人民法院应当判决给予补偿。
原告或被告不服人民法院判决的，有权在判决书送达之日起15日内向上一级人民法院提起上诉。当事人不服人民法院第一审裁定的，有权在裁定书送达之日起10日内向上一级人民法院提起上诉。逾期不提起上诉的，人民法院的判决或裁定发生法律效力。第二审程序、审判监督程序及执行等根据《行政诉讼法》的规定进行。
