最高人民法院经审查认为
本案二审法院的裁判思路为双方《补充协议（一）》无效，故按照合同无效的处理原则，置业公司应将土地归还，某区人民政府退还收取的土地费用。本院认为，某区人民政府和置业公司双方除签订上述《补充协议（一）》外，之前还于2006年10月18日签订了《合同书》，该《合同书》第三条明确，某区人民政府同意将涉案土地出让给置业公司，该宗地为工业用地，使用年限为40年。后某区人民政府相关部门签订国有土地使用权出让合同并与置业公司签订土地转让协议，为其办理了涉案土地的工业用地使用权证，即双方《合同书》约定内容已经实际部分履行。本案并无证据显示置业公司取得的工业用地使用权证无效或应撤销，基于政府颁证行为的确定力和公定力，应推定置业公司已经实际取得涉案土地的工业用地使用权，至于是否足额缴纳土地出让金并非本案予以解决的问题。在双方《合同书》内容已经部分履行且置业公司已经实际取得工业用地使用权的情况下，二审法院未对双方《合同书》和置业公司工业用地使用权证的效力作出认定，径行依照合同无效的处理原则，对置业公司享有使用权的工业用地予以处置，责令归还，应属不当。
该案系因某区人民政府没有按照双方协议约定如期为置业公司办理土地变性而引起的纠纷，置业公司也是在拥有涉案工业用地使用权的前提下提起的本案诉讼，但原审法院的处理却让其丧失诉前本已享有的工业用地使用权，起诉反而得到了比不起诉更为不利的后果，原审法院的处理超出了置业公司的诉讼请求。
