在不涉及房屋征收时，对于违法建筑的处理一般分为两类：一是对违反土地管理制度违法建筑的处理；二是对违反城乡规划制度违法建筑的处理。
对违反土地管理制度违法建筑的处理。根据《土地管理法》的规定，对违反土地管理制度违法建筑的处理方式一般有以下5种：（1）对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；（2）对符合土地利用总体规划的，没收在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；（3）超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地按上述两种方式处理；（4）以买卖或其他形式非法转让土地的，土地行政主管部门没收违法所得，可并处罚款，罚款额为非法所得的50%以下；（5）未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，可以并处罚款，罚款额为非法占用土地每平方米30元以下。
对违反城乡规划制度违法建筑的处理。根据《城乡规划法》的规定，处理方式一般有以下3种：（1）正在建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；（2）尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价5%以上10%以下的罚款；（3）无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价10%以下的罚款。
在房屋征收工作中，若征收范围内存在已经建成的违法建筑或正在建造的违法建筑，违法情节轻微，建筑所有人通过改正消除了影响并且按照规定缴纳了罚款，进而被认定为合法建筑的，在征收时可以将它们视为合法建筑进行补偿。而对于那些无法采取改正措施消除影响，也就是无法转变为合法建筑的违法建筑，应当不予补偿；县级以上地方人民政府城乡规划主管部门同时要责令违法建筑所有人限期拆除，不能拆除的，没收实物或违法收入，可以并处建设工程造价10%以下的罚款。
