房屋征收补偿协议虽是房屋征收部门与被征收人之间合意的结果，但基于房屋征收部门天然的优势地位，房屋征收补偿协议通常是由房屋征收部门未与被征收人协商，自身或委托其他机构事先拟定，交被征收人查看后签署的。因此，房屋征收补偿协议中存在着很多的格式条款。
所谓格式条款，是指当事人为重复使用而预先拟订并在订立合同时未与对方协商的条款。虽然在房屋征收补偿协议中采取格式条款有利于节约征收补偿协商时间，事先明确房屋征收部门与被征收人在房屋征收中的权利义务，降低征收补偿的协议成本，格式条款的内容未与被征收人协商，存在着侵害被征收人合法权益的可能。为此，可依据《民法典》的规定对房屋征收补偿协议中的格式条款予以限制。
首先，房屋征收补偿协议采用格式条款的，提供格式条款的房屋征收部门应当遵循公平原则确定与被征收人之间的权利和义务，并采取合理的方式提请被征收人注意免除或者限制房屋征收部门责任的条款，按照对方的要求，对该条款予以说明。
其次，如果房屋征收补偿协议中的格式条款存在《民法典》规定的情形，被征收人可以请求人民法院或仲裁机构予以撤销。应当注意的是，在下列情况下，被征收人不再有权请求人民法院或仲裁机构予以撤销：（1）被征收人自知道或应当知道撤销事由之日起一年内、有重大误解的被征收人自知道或应当知道撤销事由之日起90日内没有请求撤销的；（2）被征收人受胁迫，自胁迫行为终止之日起一年内没有请求撤销的；（3）被征收人知道撤销事由后明确表示或以自己的行为表明放弃撤销的；（4）被征收人自房屋征收补偿协议签订之日起五年内没有请求过撤销的。
再次，如果房屋征收补偿协议中的格式条款存在《民法典》规定的情形，或提供格式条款的房屋征收部门免除其责任、加重被征收人责任、排除被征收人主要权利的，该条款无效。
最后，房屋征收部门与被征收人对格式条款的理解发生争议的，应当按照通常理解予以解释；对格式条款有两种以上解释的，应当作出不利于提供格式条款的房屋征收部门的解释；房屋征收补偿协议中同时存在格式条款和非格式条款，格式条款和非格式条款不一致的，应当采用非格式条款。
