行政协议存在《行政诉讼法》规定的重大且明显违法情形的，应当确认无效；行政协议也可以适用民事法律规范来确认无效。结合我国《行政诉讼法》与《民法典》等相关规定，存在以下情形的，房屋征收补偿协议无效：
第一，房屋征收补偿协议的一方签署主体不具有行政主体资格，如协助政府部门开展土地征收工作的企业单位；房屋征收补偿协议的内容存在减损被征收人权利或者增加被征收人义务的情况，但没有相应的法律依据；房屋征收补偿协议的内容客观上不可能实现；房屋征收补偿协议存在其他我国行政法律规范认为重大且明显违法的情形。
第二，被征收人作为无民事行为能力人所签订的房屋征收补偿协议。
第三，被征收人作为限制民事行为能力人签订房屋征收补偿协议，且未经其法定代理人同意或追认。
第四，被征收人与征收人以虚假的意思表示签订的房屋征收补偿协议。虚假的意思表示，是指征收人或被征收人并没有真实的签订房屋征收补偿协议的内心想法，而是基于某些考虑假意签订。
第五，违反法律、行政法规的强制性规定。这里说的法律法规包括《民法典》《国有土地上房屋征收与补偿条例》《城乡规划法》等。并非违反上述法律法规的所有规定都会导致房屋征收补偿协议无效，只有违反其中的效力性强制性规定才会导致无效。效力性强制性规定，指法律及行政法规明确规定一旦违反将导致合同无效或合同不成立的规定；或是法律及行政法规虽然没有明确规定一旦违反将导致合同无效或不成立，但是违反后如果使合同继续有效将损害国家利益和社会公共利益的规定。
第六，存在违反公序良俗的情形。公序良俗，即公共秩序与善良风俗的统称。如果被征收人与征收人签订房屋征收补偿协议存在违反公序良俗的情形，如不符合公共利益的需要、有违社会良好风尚等，都应当被认定无效。
第七，恶意串通，损害他人合法权益。一般来说，《民法典》中“恶意串通”的主体是合同的双方当事人，在房屋征收补偿协议中就是房屋征收部门与被征收人。在土地征收补偿安置中，房屋征收部门与被征收人恶意串通，损害到他人合法权益时，双方签署的房屋征收补偿协议当属无效。
