对于行政协议无效的判断，既适用行政诉讼法关于行政行为无效的规定，也适用民事法律规范中关于合同无效的规定。2015年《适用解释》（法释〔2015〕9号，现已废止）第十五条第二款规定：“原告请求解除协议或者确认协议无效，理由成立的，判决解除协议或者确认协议无效，并根据合同法等相关法律规定作出处理。”该司法解释虽已废止，但上述条款内容已经转化为《行政协议司法解释》第十二条第二款和第二十七条第二款，即“人民法院可以适用民事法律规范确认行政协议无效。”“人民法院审理行政协议案件，可以参照适用民事法律规范关于民事合同的相关规定。”《行政协议司法解释》不仅沿用了原司法解释规定的精神，而且更进一步明确具体，将适用民事法律规范确认协议无效与适用行政诉讼法确认协议无效在一个条款中并列规定，更有利于针对行政协议案件中可能存在的不同无效情形进行审理和作出评判，对比性更强，也更具有可操作性。
但是，适用两种不同的法律规范认定合同无效的情形可能产生的问题是，公私法规则在关于协议效力的价值取向上存在冲突，在适用过程中存在法条竞合时如何选择。行政协议的公益性特点，决定了其对协议的稳定性和公共服务的可持续性要求较高。因此，有观点主张，无论是同时还是单独适用行政诉讼法或者民事法律规范，均无法搭建逻辑周延的行政协议的效力框架。公法和私法在法律原则、法律规范等方面仍然存在相互融通并具备提取效力认定的公因式提供可能性。以违法作为无效的起点，无效行政协议的标准介于单方行政行为无效标准和民事合同无效标准之间。上述观点对于司法实践中当前存在的突出问题切中要害，并提出了解决问题的路径，值得深入思考并在实践中不断检验。
征收补偿类案件中，当事人提出补偿安置协议无效的理由通常涉及协议主要内容是否严重违法或者违背公共利益。结合行政行为和民事合同的法定无效情形，从内容上否定行政行为效力主要的考量因素包括：是否严重违法，是否以合法形式掩盖非法目的，是否损害国家利益、公共利益以及第三人合法权益，是否有悖社会公序良俗等。本案中，从当事人主张被诉补偿安置协议无效的理由来看，既包括主张被申请人通过停电等方式胁迫其签订涉案协议，又提出涉案集体土地未被依法征收、确定评估机构程序违法、评估价格过低等理由。上述理由分别涉及合同法规定的无效合同情形，以及行政诉讼法规定的行政行为无效情形。所以，三级法院根据查明的案件事实，分别从上述两个层面适用不同的法律规定，回应了当事人的诉讼请求。
随着《行政协议司法解释》的实施，在判断行政协议是否无效时，准用民事法律规范已经无可争议。但实践中仍然存在的争议是，在两种不同的无效标准之间，是否存在主次关系？如果存在主次关系，应优先适用哪种法律规范？主张行政协议诉讼应当优先适用行政诉讼法关于无效行政行为规定的观点认为，行政协议的本质是行政性，协议只是行政机关履行职责的一种形式，其作为公权力行政的属性并未因其形式的不同而改变，因此关于其效力问题适用公法规则天经地义，行政协议的行政属性使之在无效的认定上需要以行政行为的无效条件为基础。也有观点认为，理论上需要进一步研究公法和私法原则在无效行政协议的认定中是公法亦或私法优先的顺位选择，还是在公法和私法之间寻找适合行政协议的特殊标准。我国现行行政诉讼法虽然将行政协议纳入受案范围，但该法的总体构造仍然延循单方行政行为的格局设置，并无多少条文可以应用于行政协议。通过对于“重大且明显”进行法律解释，虽然可以在一定程度上缓解诉讼问题，但是从实体法上为行政协议建立系统的法律规范才是最终的方向。
以行政行为的无效作为认定行政协议效力的基础虽然强调了行政协议的“行政性”属性，但无法涵盖行政协议的全部内容。在行政协议的订立及履行中涉及行政机关行使职权行为的合法性判断上，应当优先适用行政诉讼法的规定，但对于协议履行中涉及行政协议“合同性”的内容，则应适用民事法律规范中关于合同效力及履行的规定。同时，关于行政协议无效或可撤销之法定事由的判断方法和裁判规则，不仅涉及行政诉讼法第七十五条关于“重大且明显违法情形”与民事法律规范中“违反法律、行政法规的强制性规定”的界定，也涉及对“损害国家利益、集体利益或社会公共利益”的解释，还涉及对传统行政诉讼中全面审查原则、合法性审查原则、信赖保护原则等与私法领域中意思自治原则、交易安全原则等的衡平及价值取舍。以本案为代表的征收补偿类案件中涉及的补偿安置协议的效力审查，往往涉及行政行为的违法性是否足以否定补偿安置协议效力的情形，如存在缺乏征收程序、模拟征收等不符合土地管理法、《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定程序，但该违法因素是否足以影响补偿安置协议效力，是每个案件中都需要考量的因素。只有坚持行政协议中体现的行政诉讼立场，同时融合、借鉴民事法律规范中关于合同效力的立法精神和具体规定，以行政协议目的所体现的公益性为基础，兼顾其合同性的形式和特点，才能形成行政协议独特的审理方法和裁判规则。
