行政诉讼的目的之一是监督行政机关依法行使职权，行政协议争议既然被纳入行政诉讼的受案范围，行政机关在订立行政协议时就不能协议排除司法对行政机关依法行使职权的监督职能。另外，行政协议争议事项往往涉及国家行政权，不仅行政机关不能协议排除，公民、法人或者其他组织也不能自由处分。行政协议纠纷之所以不适用仲裁解决方式，其理由主要有：
行政协议的性质决定其不能适用仲裁制度：根据《行政协议司法解释》第一条的规定可知，行政协议是指行政机关为了实现行政管理或者公共服务目标，与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议。虽然行政协议具有协议性，但其属性首先是行政性，因行政协议引发的争议应当属于行政争议。一方面由于此类争议事项往往涉及国家行政权，当事人不能自由处分，故不能适用只解决民事纠纷的仲裁制度；另一方面，行政协议往往涉及重大公共利益，需要对行政机关的行政行为进行有效的司法监督。而仲裁是指民（商）事争议的双方当事人根据其订立的协议，自愿将其争议提交由非司法机构的仲裁员组成的仲裁庭进行裁决，并受该裁决约束的一种解决纠纷的制度和方式。虽然仲裁活动和法院的审判活动一样，都是解决民事争议的一种方式，但是二者有较大不同。法院行使的是国家所赋予的审判权，而仲裁机构受理案件的管辖权来自双方所达成的协议，没有协议仲裁机构就无权受理。仲裁在性质上具有契约性、自治性、民间性和准司法性。仲裁通常为行业性的民间活动，仲裁机构属于民间机构，仲裁规则是为了解决民商事合同纠纷而产生的，其范围适用于作为平等主体之间的自然人、法人或者其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷。而行政协议是行政机关和行政相对人之间订立的，因此与行政机关行使公权力有关。虽然仲裁具有准司法性，但其更强调自主、自愿、协商、调解和斡旋，不具有监督与规制行政行为之功能。由于行政协议涉及的是行政法上的权利义务关系，这种属性使行政协议在一般情况下排斥了民间仲裁的可能。
