由于行政协议与生俱来的双重属性，给传统的行政案件的审理带来了很大挑战，尤其缺乏对协议纠纷的相关立法和规制。为解决法律规范的缺失，行政诉讼法第一百零一条明确规定，行政诉讼法没有规定的，可适用民事诉讼法的相关规定。《行政协议司法解释》第二十七条则明确规定：“人民法院审理行政协议案件，应当适用行政诉讼法的规定；行政诉讼法没有规定的，参照适用民事诉讼法的规定。人民法院审理行政协议案件，可以参照适用民事法律规范关于民事合同的相关规定。”因此，在行政协议案件中，可以参照适用民事法律规范中关于民事合同的相关规定来处理和解决协议纠纷。相较于民事诉讼，行政诉讼解决行政协议纠纷具有自身优势，也更有利于保障当事人的合法权益。一是从两种诉讼的结构来看，行政诉讼坚持全面合法性审查原则，更有利于对当事人权益的全面保护，这种审查方式客观上比民事诉讼的保护更为周延。二是由于行政协议双方法律地位存在明显不对等的情况，一些法律规定的行政职权内容被纳入协议当中，行政相对人不可避免处于相对弱势地位，而单纯的民事诉讼难以对行政职权进行监督。但是在行政诉讼中，人民法院可以依据行政诉讼法的规定包括行政诉讼特有的举证责任分配原则对协议所涉行政职权事项进行全面合法性审查，以实现对行政职权的监督。三是行政协议纠纷中往往交织行政许可、行政登记、行政补偿等多种行政行为，将其作为行政案件处理有助于促进争议的一揽子解决，从而实现争议的实质性化解，体现司法的能动与温度。
本案中，最高人民法院经审查后虽然没有直接确认涉案《协议书》约定仲裁条款的效力，但明确指出，“因《协议书》属于行政协议，某建材公司起诉不受该约定仲裁条款的约束。”该认定实际上是否定了仲裁条款的有效性。
