由于此类行政协议纠纷发生在2015年行政诉讼法实施之后，因此对于该类案件属于行政诉讼受案范围没有争议，也不存在程序问题和实体问题的“新旧”之分，对于该类案件的审理依据较为明确，即应当适用行政诉讼法及《行政协议司法解释》。但是在2015年行政诉讼法颁布实施后，与之配套施行过的司法解释有多部，不仅限于《行政协议司法解释》，还包括《执行解释》《适用解释》《行诉解释》等，不同司法解释之间还有效力的重合问题，因此在审理此类案件时，要综合运用2015年行政诉讼法及其司法解释的规定。另外，在适用2015年行政诉讼法及其司法解释时，不应限于其条文本身，还要包括该条文适用时所牵涉到的其他法律规定，如民事诉讼法等。此外，无论将行政协议纠纷归类于民事争议，还是行政争议，都离不开适用行政实体法。因此，在审理行政协议类案件时，除了适用《行政协议司法解释》第二十八条规定的程序法之外，还包括行政实体法。具体来说，对于2015年行政诉讼法实施之后签订的行政协议，如果实体法未发生调整，则2015年行政诉讼法与旧法在适用时并无不同；如果实体法在2015年行政诉讼法实施之后发生调整的，应当根据实体从旧原则，适用讼争协议订立时的实体法。
审理行政协议案件，必须正确认识2015年行政诉讼法实施所带来的变与不变。2015年行政诉讼法将行政协议案件纳入行政诉讼的受案范围，使行政协议纠纷的审理发生重大改变，但这种改变并非是对行政协议原先事项的全盘调整，行政协议纠纷本身并未发生改变，改变的是此类纠纷的案件类型、解决途径及其审理规则，而订立协议的主体、协议的权利义务关系、协议的属性及其判断标准等，在2015年行政诉讼法实施前后并没有发生改变。例如对于2015年行政诉讼法实施前因无明确法律依据且具备民事合同部分特征的行政协议纠纷，司法实务一般将其归类于民事争议范畴，适用民事诉讼的相关规则予以处理。2015年行政诉讼法对此予以调整，将其归类于行政争议，适用行政诉讼的审理规则予以处理。而民事协议争议的受理未发生任何变化，即2015年行政诉讼法实施前后都属于民事争议的，仍然按照民事案件予以受理和审理。
