在划定基本农田保护区时，依据《基本农田保护条例》规定的划定对象，从实际情况出发，对本地区的经济和社会发展以及人口增长对耕地的需求进行科学预测与论证，编制全国基本农田保护区规划，须经政府批准后方可实施。
1．国务院土地行政主管部门和农业行政主管部门，应当会同其他有关部门编制全国基本农田保护区规划，报国务院批准。县级以上地方各级人民政府土地行政主管部门和同级农业行政主管部门应当会同其他有关部门，根据上一级人民政府的基本农田保护区规划编制本行政区域内的基本农田保护区规则，经本级人民政府审定，报上一级人民政府批准。乡级人民政府要根据县级人民政府的基本农田保护区规划编制本行政区域内的基本农田保护区规划，报县级人民政府批准。经过批准的基本农田保护区规划需要调整的，必须报原审批机关批准。
2．各级人民政府编制基本农田保护区规划时，必须明确基本农田保护的数量指标和布局安排，并逐级分解下达。基本农田保护区的划区定界工作，以乡(镇)为单位进行，由县级人民政府土地行政主管部门会同同级农业行政主管部门组织实施。
3．基本农田保护区规划以上一级土地利用总体规划农业资源调查区别为依据，并与城市规划、村镇建设规划相协调。
4．凡是划定的基本农田保护区，由县级人民政府设立保护标志，予以公告；由县级人民政府土地行政主管部门建立档案并抄送同级农业行政主管部门。任何单位和个人不得破坏或者擅自改变基本农田保护区的保护标志，也不得擅自改变原承包者的承包经营权。
5．基本农田保护区划定后，由县级人民政府的上一级人民政府组织验收。
划定基本农田保护区的方法
1．基本农田保护面积一般由县采取上下结合，综合协调的方法确定，然后分解到各乡(镇)村。
2．根据分解给乡镇、村的基本农田保护面积、在乡级规划图上，划定基本农田保护区范围，确定保护片和地块，征求土地所有(使用)单位意见后，在现场划定界线，并以界桩或明显地物标定其位置。
3．整理划定基本农田保护区成果。村一级要建立保护片、块的登记表，绘制保护片、块分布示意图，并统一编号，分别与承包户签订保护合约。
