基本农田保护区的划定是指基本农田有关保护区的划区定界，是对基本农田的面积及基本农田保护规划图在实地确定界线，并落实保护标志位置，进行保护基本农田面积的登记、统计，制定实施基本农田面积动态管理措施的过程。各级人民政府在编制土地利用总体规划时，应当将划定基本农田保护区作为规划的一项内容，明确基本农田的布局安排、数量指标和质量要求。
(一)划定基本农田的依据
划定基本农田的依据是土地利用总体规划。土地利用总体规划是协调各业用地的最高规划。特别是县、乡级土地利用总体规划，将明确划出各种土地利用区，其中包括确定基本农田保护区，并考虑各行业的用地需要、耕地的保有量和基本农田保护的需要，因此，基本农田划定应以土地利用总体规划为依据。
(二)划入基本农田的耕地范围
1．经国务院有关主管部门或者县级以上地方人民政府批准确定的粮、棉、油生产基地内的耕地
这部分耕地是国家和地方确定的商品粮基地、商品棉基地和商品油基地，这些地方生产的粮、棉、油商品率高，对国家市场调节贡献大，在国民经济发展和保证城乡居民生活中起到关键作用。国家和地方各级政府对商品粮、棉、油基地的建设都采取了一些特殊的政策，并给予一定的投入和扶持。因此，对这些地区的耕地要实行特殊保护，不然将会造成商品粮、棉、油基地耕地大量减少，而使这些基地提供不了商品粮、棉、油，甚至满足本地需要都有困难，从而影响整个国民经济的发展。各级人民政府在编制土地利用总体规划时也考虑这一点。通过规划，增加商品粮、棉、油基地耕地保护的面积，特别是将这些基本水利设施好、产量高的优质耕地尽可能受到特殊保护。
2．有良好的水利与水土保护设施的耕地，正在实施改造计划以及可以改造的中、低产田
这部分耕地划入基本农田保护区，这是由于我国耕地总体质量差，人均水平低，有一些耕地长期耕种将会造成水土流失和生态环境的破坏，这些耕地必须有计划地退耕还林还牧；为了保证当地人民的吃饭需要必须保护一定数量的耕地，有良好的水利与水土保持设施，或可以改造的中、低产田，虽然目前产量不高，但有一定的发展潜力，经过改造可以发挥更大的作用，为满足人民生活对粮食的需求，也应受到特殊保护。
3．蔬菜生产基地
蔬菜生产基地是为解决城市人口吃菜问题的“菜篮子”工程的主要基地，是耕地中最肥沃的土地部分。一般都有良好的水利设施，生产条件好，产量高，一般离城市较近，如果不采取特殊的措施，很容易被占用。况且要形成新的蔬菜生产基地将要投入大量资金，并经过很长时间才能形成。因此，这些耕地应列入基本农田保护区予以保护。
4．农业科研、教学试验田
农业科研、教学试验田是农业科研、教学的基地，虽然直接生产的粮食不多，但对农作物产量的提高、新品种的推广等都有着特殊的贡献。解放以来，我国粮食单产的增加，主要是靠农业科技的进步及新品种的引用实现的。而农业科研、教学试验田对耕地的土壤、气候、水利等都有特殊的要求，占用之后重新建设要经过很长时间，影响农业科研的正常进行。因此，农业科研、教学试验田应划入基本农田保护区予以保护。
5．国务院规定应当划入基本农田保护区的其他耕地
此外，根据土地利用总体规划、铁路、公路等交通沿线，城市和村庄、集镇建设用地区周边的耕地，应当优先划入基本农田保护区；需要退耕还林、还牧的耕地，不应当划入基本农田保护区。
在具体划定基本农田保护区时，应当根据当地的自然和社会经济条件、合理布局，相对集中，以土地利用总体规划为依据，并与从严控制的城市、村庄和集镇等长期规划相协调。
