1998年修订的土地管理法规定，各省、自治区、直辖市划定的基本农田应当占本行政区域内耕地的80%以上。当时确定80%的比例，主要是根据国民经济和社会发展要求和以前划定基本农田的情况。这个目标是根据当时的国民经济和今后人民对粮、棉、油需要来确定的。1998年，我国耕地总量为19.5亿亩，按照80%计算，不足16亿亩。考虑到我国经济社会快速发展，部分省份耕地后备资源已经严重不足，为避免“一刀切”的政策影响地方发展，这次修改对永久基本农田划定比例做了调整，规定各省、自治区、直辖市划定的永久基本农田一般应当占本行政区域内耕地的80%以上，具体比例由国务院根据各省、自治区、直辖市耕地实际情况规定。有些省、自治区耕地后备资源丰富，永久基本农田比例可能会高于80%，有些省、直辖市经济发展快速，耕地后备资源匮乏，永久基本农田比例可能会低于80%。但是，为了保障国家粮食安全，在国家层面将采取积极措施，保证耕地数量和质量动态平衡。这样的规定，更加符合实际情况。
永久基本农田集中区域土壤污染防治特殊规定：我国耕地资源的宝贵性和稀缺性决定了永久基本农田集中区域必须采取更严格的污染防治措施。《土壤污染防治行动计划》要求严格控制在优先保护类耕地集中区域新建有色金属冶炼、石油加工、化工、焦化、电镀、制革等行业企业。本法规定了禁止性的管理措施，提出在永久基本农田集中区域不得新建可能造成土壤污染的建设项目；已经建成的，应当限期关闭拆除。
