征地协议的性质在实践中经常被混淆。许多被征收人提起民事诉讼，认为征地协议的补偿标准不合理，根据关于“对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调；协调不成的，由批准征用土地的人民政府裁决”的规定，人民法院往往不予受理。而被征收人起诉请求确认征地协议因具有违法因素而无效时，征收人则常常以土地征收属于行政行为，不属人民法院的民事审理范围为由进行抗辩。集体土地的征收既涉及行政法律问题，又涉及民事法律问题。
其中征地审批、补偿标准制定等问题属于行政法律问题，当事人认为地方政府征地的目的、权限和程序、补偿标准违法的，应当根据《行政复议法》及《行政诉讼法》的规定，依法申请行政裁决、复议或提起行政诉讼。而征地协议的签订及效力问题属于民事法律问题，该协议是否属于当事人的真实意思表示，缔约主体是否适格，是否违反法律法规的强制性规定，可通过民事审判程序进行评判。就民事审判而言，依法作出、尚未被撤销的政府行政文件属于有效证据，人民法院对其效力问题不予评判，而仅对征地协议的合同效力进行认定。
