土地承包经营权登记与一般的不动产登记类型不无特别，以家庭承包方式取得的土地承包经营权的首次登记，由发包方持土地承包经营合同等材料申请。以招标、拍卖、公开协商等方式承包农村土地的，由承包方持土地承包经营合同申请土地承包经营权首次登记。相应的变更登记、转移登记和注销登记所需材料均规定于《不动产登记暂行条例实施细则》之中。
实行家庭承包的，土地承包经营权证颁证程序为：（1）土地承包合同生效后，村集体在30个工作日内将土地承包方案、承包方及承包土地详细情况、土地承包合同等材料报乡（镇）人民政府；（2）乡（镇）人民政府进行初审，经登记造册向县级以上人民政府提出颁证申请，材料不符合的要求申请人在15个工作日内补正；（3）县级以上人民政府农业行政主管部门进行审核，对符合规定的，编制土地承包经营权证登记簿，报统计人民政府颁发土地承包经营权证，不符合规定的，通知乡（镇）政府补正。经补正不符合规定的，不予登记。
实行招标、拍卖、公开协商等方式承包农村土地的，申领农村土地承包经营经营权证的程序：（1）土地承包合同生效后，承包方填写农村土地承包经营权登记申请书，报乡（镇）人民政府；（2）乡（镇）人民政府对发包方和承包方的资格、发包程序、承包期限、承包地用途等予以初审，并在农村土地承包经营权证登记申请书上签署初审意见；（3）承包方持乡（镇）人民政府初审通过的农村土地承包经营权登记申请书，向县级以上地方人民政府申请农村土地承包经营权证登记；（4）县级以上地方人民政府农业行政主管部门对登记申请予以审核。申请材料符合规定的，编制农村土地承包经营权登记簿，报请同级人民政府颁发农村土地承包经营权证，申请材料不符合规定的书面通知申请人补正，经补正不符合规定的，不予登记。
