行政协议有效，是指行政协议具备了协议的有效要件。根据《民法典》规定，具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。相对应的，对于行政协议而言，也需要具备三个方面的条件，但是在具体的要求方面存在重大区别：
（1）行政协议当事人具有订立协议的行为能力。这是协议有效的能力要素。对于行政机关而言，是否具有订立行政协议的资格，涉及其“缔约资格”的讨论。基于行政职权法定化的要求，行政机关订立行政协议，受到法律规定的限制。“行政机关缔结行政契约是行政机关行使行政权力之一种，而且以达成行政任务为目的，自亦应遵守依法行政之原则，尤其是法律优越原则。除了缔结司法契约，毋须涉及行政机关的法定权限外，在达成行政任务时，必须属于行政机关权限范围内，方能缔结行政契约。”
综上，考虑到行政协议是行政管理的方式，一般需要行政机关具有相应行政管理职权，即实行“依照法律行政”，不实行民事合同中“契约自由”“不违法即推定合法”。例如，只有土地管理部门才能签订土地房屋补偿协议，市场监管、税务等机关则不能签订这类协议。对于行政相对人而言，一般具有完全行为能力。限制行为能力人、无行为能力人不得亲自订立协议，可以由其法定代理人代为订立。例如，土地管理部门也可以与限制行为能力人的法定代理人订立房屋征收补偿协议。在特定的行政协议中，需要行政相对人具有特殊的行为能力，即缔约能力。例如，在政府特许经营协议中，相关企业需要具备特许经营所需要的资质。
（2）意思表示真实。这是协议有效的意思要素。意思表示真实要求协议反映当事人内心的效果意思。这是意思自治原则在行政协议中的反映。意思表示不真实，对协议的效力会产生直接的影响。如果存在重大误解、乘人之危致使协议显失公平等情形，可能导致协议被变更或者撤销；如果存在欺诈、胁迫情形，未损害国家利益的，可能导致协议被变更或者撤销；如果存在欺诈、胁迫情形，且损害国家利益的，可能导致协议被确认无效。
