合同可以因履行、解除等法律规定或者当事人约定的原因而终止。除了适用一般典型合同的终止事由以外，由于合同标的的特殊性，林地经营权流转合同的终止也有一些特殊之处。比如，为了稳定受让方的林业生产经营预期，维护林地经营流转秩序的安定，《农村土地承包法》对土地经营权流转合同中的承包方的单方合同解除权进行了限制，即原则上承包方不得解除土地经营权流转合同，但受让方具有擅自改变土地的农业用途、弃耕抛荒连续两年以上、给土地造成严重损害或者严重破坏土地生态环境，以及其他严重违约行为等情形的除外。《农村土地承包法》规定了土地经营权人具有规定的情形而承包方在合理期限内不解除土地经营权流转合同的，发包方有权要求终止土地经营权流转合同。这一规定实际上突破了合同相对性，主要立法目的在于保护土地和土地生态环境。
合同终止意味着合同当事人之间基于合同产生的权利和义务关系消灭，但是合同当事人之间并不因此不再产生任何合同上的联系。一方面，根据合同内容以及合同终止原因，合同当事人可能还需进行与合同内容有关的结算与清理。另一方面，合同终止后，合同双方当事人还应当遵循诚实信用等原则，根据交易习惯履行通知、协助、保密、旧物回收等后合同义务。在林地经营权流转合同中，《农村土地承包法》规定土地经营权的流转“不得改变土地所有权的性质和土地的农业用途，不得破坏农业综合生产能力和农业生态环境”，同时参照农业农村部《农村土地经营权流转管理办法》规定的精神，林地的经营权流转不得改变林地的集体所有权性质及其林业用途，而应当以“林地林用”为基本原则。生产林木是林地的基本用途，林木是林地的重要产品。林地经营权流转合同终止时，无论是基于履行合同本身的需要，还是基于合同结算与清理的需要，抑或履行后合同义务的需要，对于林地经营权流转中林地经营权人所种植的地上林木，都应当作出妥当处理。
合同有约定情形下的处理规则《民法典》规定了作为民法基本原则之一的自愿原则，即“民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系”。落实到合同法中的自愿原则就是合同自愿原则，又称为合同自由原则，是指行为人的缔约行为不受干涉，只要双方当事人自愿且不违法，就可以进行任何交易，并自主决定期限、价格等交易条件。合同自由原则构成整个合同制度的基石，而其在合同法中的最生动文本表现就是“有约定的从其约定”。
由于合同自由原则以“假设合同相对人地位相同且都具有完美的道德素养”为前提，更多的是从一种脱离现实社会基础的民事主体地位抽象平等出发，而忽略了以社会分工为基础的现代社会经济结构之下的天然不平等性，故如果奉行绝对的合同自由原则，必然导致垄断横行、贫富分化、社会矛盾加剧，合同自由不仅不能成为自由的保障，反而会成为限制自由的工具。为此，从20世纪起，世界各国普遍对合同自由原则加强法律干预。我国《民法典》规定了民事法律行为有效的三项要件，其中“不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗”即是体现对个人意思自治与行为限制的一项重要条件。民事法律行为虽然是彰显意思自治、保障权利实现的主要制度，但这种自由必须限定在不损害国家利益、社会公共利益的范围之内。民事法律主体的民事法律行为一旦超越法律和道德所容许的限度，构成对国家利益、社会公共利益的侵害，就必须否定其效力。《民法典》又通过反面规定对此予以再次强调，并在合同法上构成对合同自由的“强制性”限制。即只要构成该条所规定的无效情形且不属于例外规定的，则相应约定指向的合同权利义务内容、甚至整个合同内容都会归于无效。如果林地经营权流转合同中关于林木所有权归属的约定依据《民法典》的规定应当认定为无效的，则因其约定效力的丧失，不能再依据该约定确认林木所有权归属。适用本规则时，应当注意把握好以下几个问题：
一是关于林木所有权归属的约定无效并不会导致整个林地经营权流转合同的无效。民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。在林地经营权流转合同中，有些合同约定内容系根本性条款，如果该条款作出违反法律、行政法规的强制性规定的约定，将导致整个林地经营权流转合同无效。比如，如果合同约定流转林地用于建造建筑物、构筑物等非农、非林用途的，将改变“林地林用”的法律强制性规定，该条款作为合同的根本性条款，一经认定为无效，整个合同将归于无效。除了根本性条款以外，还有一些合同内容虽然也非常重要，甚至构成要式合同的必备条款，但因其并非根本性条款，故不会由于其无效而导致整个合同的无效。在林地经营权流转合同中，关于流转期限、流转合同终止后地上物的处理等约定均属此种情形。
二是依据《民法典》规定确定有关约定无效仅是《民法典》对合同效力进行控制的规则之一，并不是有关合同效力判断的全部规则，即其与效力待定、未生效、可撤销以及其他合同无效规定之间属于并列而非包含关系。因此，在认定林地经营权流转合同中有关林木所有权归属约定的条款效力时，除了要依据《民法典》第153条认定其是否无效以外，还要依据《民法典》总则编、合同编等相关认定民事法律行为效力的条文认定其是否还存在其他应当认定为无效的情形，或者存在应当认定为效力待定、未生效、可撤销等情形。
三是在林地经营权的流转中，林地经营权人通过转包、出租、入股、合作等流转形式使用林地，无论是以在林地上种植林木、生产木材为主要经营方式，还是采取生产果品、油料、饮料、工业原料、药材，或者开展林下经济、森林旅游等多种经营方式，这些产业均具有周期长、投入大的特点。林地经营权流转合同终止时，对于经营权人种植的地上林木所有权，固然可以在合同中事先进行约定，并且这些约定可能也并不存在效力瑕疵，但是正如前文所述，因为林木不具有独立性、林木采伐权权能不具有完整性等特点，在约定林木所有权归林地经营权人所有的情况下，林地经营权人也必须根据《森林法》《农村土地承包法》等法律关于林木所有权权属登记，特别是针对林木采伐权行使的限制性规定，对其是否可以实际进行确权登记、是否可以取得林木采伐许可证、是否可以充分行使对林木的各项所有权权能等情形予以充分考虑。
