法院经审理发现被诉行政协议无效的，不能简单地驳回其诉讼请求，应当首先进行释明，并根据释明后原告诉讼请求的情况作出相应的判决。理由是：（1）原告请求判决行政机关承担违约责任，争议的焦点是行政机关是否违约，而非行政协议是否有效，因此，法院应当根据原告的诉讼请求作出判决。（2）人民法院经审理认为被诉行政协议无效的，因行政协议具有公法性质，可能会对国家利益和社会公共利益造成影响。因此，不能完全按照原告诉讼请求进行审理。“原告以被告违约为由请求人民法院判令其承担违约责任，人民法院经审理认为行政协议无效的，应当向原告释明，并根据原告变更后的诉讼请求判决确认行政协议无效；因被告的行为造成行政协议无效的，人民法院可以依法判决被告承担赔偿责任。原告经释明后拒绝变更诉讼请求的，人民法院可以判决驳回其诉讼请求。”
1.由给付诉讼转换为确认诉讼须向原告释明。原告以被告违约为由，请求人民法院判定被告承担违约责任，说明原告和被告对于行政协议的效力是认可的。只有行政协议有效，才能确定行政协议双方当事人之间的权利义务关系。考虑到行政协议无效将导致国家利益、社会公共利益的重大损害，因此，人民法院必须对这一类行政协议进行司法监督。同时也要考虑到行政协议本身也是双方当事人之间的“法律”，为了确保交易安全，也要适当保证该行政协议的效力。《行政诉讼法》规定的“原告申请”包含两种情况：一种情形是原告在起诉时，就要求确认行政协议无效。另一种情形是，原告在提起给付诉讼时，法院对行政协议经过审查后认为，行政协议存在重大且明显违法的，且原告申请判决确认行政协议无效，法院可以作出相应判决。在司法解释讨论过程中，有的意见认为，行政协议是否属于“重大且明显”，应当属于法院裁量的情形，无须原告申请就应当确认行政行为违法。在这种情况下，给予原告必要的释明，由原告选择，具有一定的合理性。人民法院经审理认为行政协议无效的，应当进行司法裁断，向原告释明，由原告变更诉讼请求。如果原告经释明后，将给付诉讼改变为确认无效诉讼，人民法院可以根据原告变更后的诉讼请求，确认该行政协议无效。
2.关于行政协议的无效。人民法院经审理发现行政协议无效，该无效的标准适用《行政诉讼法》第75条和合同法等民事法律规范。行政行为有实施主体不具有行政主体资格或者没有依据等重大且明显违法情形，原告申请确认行政行为无效的，人民法院判决确认无效。无效的行政行为，虽然在法律上无效，但因其具有行政行为的外观，可能对人民的合法权益造成侵害，因此允许人民对此提起诉讼。“无效”具有如下特征：（1）自始无效。即行政协议从订立之时起就没有法律上的约束力。（2）当然无效。即该无效不是由于法院的判决导致无效，而是其本身就无效，法院的确认只是对该事实予以宣告而已。（3）绝对无效。即该行政协议所包涵的意思表示完全不被法律承认，法院判决宣告无效，如同该行政协议从来没有存在过。无效行政协议因其脱离了一般理性人的判断，达到“匪夷所思”的地步，其根本不具有任何效力，任何机关和个人都可以无视它的存在。对于行政行为转换为行政协议的，该协议效力应当按照《行政诉讼法》第75条的规定来判断。对于其他类型的行政协议，可以适用合同法等民事法律规范关于无效合同的规定判断。
3.根据原告变更后的诉讼请求判决确认行政协议无效。之所以这样规定，主要是由于以下几个原因：（1）《行政诉讼法》第75条规定的确认无效判决的前提是“原告申请确认行政行为无效”，说明《行政诉讼法》在确认无效诉讼中，原告诉讼请求是法院裁判的重要考虑因素。（2）为了保证行政协议所具有的公法性。公法性意味着行政协议的目标不仅在于行政协议当事人利益的实现，更要考虑到行政协议之外的公民、法人或者其他组织等公共利益的实现。也就是说，为了保证行政管理和公共服务的持续性公法目标的实现。例如，在燃气特许经营协议中，如果法院认定该协议无效，可能会导致燃气用户利益受损，从而影响国家利益和社会公共利益。所以，一般情况下，在给付诉讼中应当慎用确认无效判决。（3）在《行政协议规定》讨论过程中，民法学者大多坚持认为即使在行政协议中也应当贯彻合同自由原则。据此，《行政协议规定》明确，确认行政协议无效须以原告变更诉讼请求为前提。
4.因被告的行为造成行政协议无效的，人民法院可以依法判决被告承担赔偿责任。人民法院经审理认为行政协议无效的原因是行政机关的行为，该行政机关应当承担相应的赔偿责任。对于行政协议无效的法律后果，合同法等民事法律规范和《行政协议规定》都作出相关的规定，由被告承担相应的赔偿责任。人民法院在判决被告承担赔偿责任之前，应当注意履行释明义务，询问原告的意愿。如果原告同意将诉讼请求变更为要求被告承担赔偿责任。人民法院可以作出赔偿的判决。
5.经过释明之后，原告拒绝变更诉讼请求的，可以作出实体的驳回其诉讼请求的判决。人民法院经过释明之后，原告拒绝将诉讼请求由给付之诉变更为确认无效之诉的，人民法院不宜直接判决该行政协议无效。对于这个问题，《行政协议规定》和《行政诉讼法解释》第94条第1款作出不同的制度安排。
在诉讼类型转换中，要突出法院的释明义务和强调原告的意愿。诉讼类型转换制度是《行政诉讼法》的特殊制度，目的在于更有效保障当事人诉权，更有力监督行政机关的行政执法行为。因此，如果当事人起诉要求被告承担违约责任，法院不进行释明，直接判决确认行政协议无效或者驳回其诉讼请求，可能不符合《行政诉讼法》保障当事人诉权的意旨。因此，法院可以在征求当事人意愿的基础上，依法进行诉讼类型的转换。当事人拒绝变更诉讼请求的，法院才能判决驳回其诉讼请求。
