根据《征补条例》的规定，在征收补偿工作中，市、县人民政府与房屋征收部门行使不同的行政管理职责。一般来说，市、县人民政府负责本行政区域的房屋征收与补偿工作；市、县人民政府确定的房屋征收部门组织实施本行政区域的房屋征收与补偿工作；市、县人民政府有关部门应当按条例的规定和本级人民政府规定的职责分工，互相配合，保障房屋征收与补偿工作的顺利进行。
市、县人民政府和房屋征收部门分别承担不同的行政职责。在房屋征收与补偿过程中，市、县人民政府的职责主要有：组织有关部门论证和公布征收补偿方案，征求公众意见；对征收补偿方案的征求意见情况和修改情况进行公布，以及因旧城区改建需要征收房屋，多数人不同意的情况下举行听证会；对房屋征收进行社会稳定风险评估；依法作出房屋征收决定并公布；制定房屋征收的补助和奖励办法；组织有关部门对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理；依法作出房屋补偿决定等。房屋征收部门的职责主要有：委托房屋征收实施单位承担房屋征收与补偿的具体工作，并对委托实施的房屋征收与补偿行为负责监督；拟订征收补偿方案，报市、县级人民政府；组织对征收范围内房屋的权属、区位、用途、建筑面积等情况进行调查登记，并公布调查结果；书面通知有关部门暂停办理房屋征收范围内的新建、改建、扩建房屋和改变房屋用途等相关手续；与被征收人签订补偿协议；与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议或者被征收房屋所有权人不明确的，报请作出决定的市、县人民政府作出补偿决定；依法建立房屋征收补偿档案，并将分房补偿情况在房屋征收范围内向被征收人公布等。
被征收人对市、县人民政府作出的房屋征收决定、房屋征收补偿决定不服提起行政诉讼的，应当以作出该决定的市、县人民政府为被告；被征收人对征收补偿协议不服的，应当以与其签订协议的房屋征收部门或者其他主体为被告；对房屋征收部门在组织实施房屋征收补偿工作中的实施行为等不服提起行政诉讼的，根据“谁行为，谁被告”原则，应当以房屋征收部门为被告。
房屋征收部门可以委托房屋征收实施单位，承担房屋征收与补偿的具体工作。房屋征收实施单位不得以营利为目的，即房屋征收实施单位应当是“具有管理公共事务职能的组织”。受委托的单位不能是开发商、建设单位以及与项目有利害关系的单位。房屋征收部门委托事项主要包括：协助进行调查、登记；协助编制征收补偿方案；协助进行房屋征收与补偿政策的宣传解释；就征收补偿事项与被征收人进行协商；协助组织征求意见、听证、论证；对被征收房屋进行拆除等。
结合《征补条例》的规定，《行政诉讼法解释》规定：“市、县级人民政府确定的房屋征收部门组织实施房屋征收与补偿工作过程中作出行政行为，被征收人不服提起诉讼的，以房屋征收部门为被告。”“征收实施单位受房屋征收部门委托，在委托范围内从事的行为，被征收人不服提起诉讼的，应当以房屋征收部门为被告。”
