在我国现行的房屋征收补偿标准下，商业用房与居住用房之间的补偿标准有所不同，故在对房屋进行征收补偿的过程中，征收部门应当对被征收房屋的使用性质进行审查，审查时应当注意以下三点：
（1）以物权登记或租赁凭证记载作为判断房屋使用性质的前提。就房屋这一不动产而言，其不动产物权的登记凭证就是房屋登记簿，房屋登记簿是房屋权利归属和内容的依据，是房屋登记机构制作和管理的，用于记载房屋基本状况、房屋权利以及其他依法应当登记的事项，房屋登记簿中应当记载的内容包括建设工程规划许可文件及其所附土建文件上确定的房屋用途。其中，就公有住房而言，出租人向承租人所提供的租赁凭证中也应当对包括房屋使用性质在内的房屋基本信息进行记载。因此，无论是房屋登记簿还是租赁凭证，都具有相应的法律效力，对于所有权人或承租人均具有一定的约束作用，应当视其为判断房屋实际使用性质的依据。
（2）登记或记载内容与实际使用情况不一致时房屋用途的判定。“业主不得违反法律、法规以及管理规约，将住宅改变为经营性用房。业主将住宅改变为经营性用房的，除遵守法律、法规以及管理规约外，应当经有利害关系的业主一致同意。”由此可知，通常情况下，房屋所有权人不得擅自变更房屋权属登记中记载的房屋使用性质，因使用需要确需变更的，应当在办理相应手续后，变更房屋权属登记中记载的房屋使用性质。因此，在裁判过程中，房屋权属登记或租赁凭证上记载的房屋使用性质与实际使用情况不一致时，权利人应当提供有关部门批准房屋用途变更的证明文件，否则仍应以房屋权属登记或租赁凭证上的记载为认定依据。
（3）使用性质改变的房屋被征收时应当审查房屋实际使用情况。房屋变更使用性质应当经过有关部门批准，但对于已经过批准变更了使用性质的房屋来说，也并不意味着其房屋性质不会再次发生改变，如房屋变更为经营用途后，受经营状况等因素影响，仍有变回居住用途的可能。在对由居住用房变更为经营用房的房屋进行征收的过程中，还应当审查该房屋的使用情况在征收决定作出前是否发生了变化，若已停止经营的，仍应按照居住用房评估征收补偿标准。
房屋征收过程中评估机构的选择时点：根据相关法律规定，我国国有土地上的房屋被征收时，应当依法向被征收人支付一定的征收补偿费，但为了确定征收补偿费的具体数额，就必须进行房地产价格评估。司法实践中，法院认定评估机构选择的时间是否必须限定在征收决定公告之后的问题，应当注意以下两点：（1）选择评估时点及机构时应充分尊重被征收人的意愿。我国现行法律法规仅规定了评估机构的选定程序，对于评估机构选择的时间节点则未作出明确规定。但从前述评估机构的选定方式来看，在选择评估机构时应当充分尊重被征收人的意愿，保障被征收人的合法权益，因此，在评估机构选择节点的确认上也应当采纳此原则。当政府机关保障了被征收人协商选定评估机构的权利，但协商不成，以其他方式确定评估机构的程序正当，最终选定的评估机构也能依法独立、客观、公正地进行评估工作时，就应当认定被征收人的合法权益已经得到了保障，评估机构选择的节点并不能影响房地产价值的评估，也不会损害被征收人的合法权益。因此，被征收人不得以评估机构是在征收决定公告前即被选定为由主张程序违法。
（2）选择评估机构应当确保程序的正当性。“房地产价格评估机构由被征收人在规定时间内协商选定；在规定时间内协商不成的，由房屋征收部门通过组织被征收人按照少数服从多数的原则投票决定，或者采取摇号、抽签等随机方式确定。具体办法由省、自治区、直辖市制定。”由此可知，房地产评估机构的选择程序，应当由各地方政府结合当地的实际情况，自行规定选择的方式及时间节点。通常来讲应当先与被征收人协商，只有协商不成的情况下才可以采取投票、抽签或者摇号等方式确定，但若房屋征收部门在第一次与被征收人协商选定评估机构不成的情况下直接进行抽签或者摇号，则无法充分反映当事人的真实意愿，故当征收部门与被征收人第一次协商不成时，应当再组织被征收人进行第二次协商，如仍无法达成一致，再由征收部门通过抽签、摇号等随机方式选定。通过上述方式选择的评估机构，不但在程序的正当性上不容易产生纠纷，同时也保障了被征收人在评估机构选择过程中的基本权益。
