房屋征收补偿中应补交的土地收益金，是指房屋的土地用途改变前后的土地使用权价格差额。关于应补交的土地收益金应当如何补交，以及能否在房屋征收补偿款中直接扣除，我国相关法律法规并未作出明确规定。为此，在司法实践中，认定征收部门在房屋征收补偿决定中扣除应补交的土地收益金的行为是否符合相关法律规定，应当注意以下三点：
（1）应当缴纳土地收益金的情形。所谓土地收益金，就是指土地使用者将其所使用的土地使用权转让（连同地面建筑物一同转让）给第三者时，就其转让土地交易额按规定比例向财政部门缴纳的价款，或土地使用者将其所使用的土地使用权出租（连同地面建筑物一同出租）给其他使用者时，就其所获得的租金收入按规定比例向财政部门缴纳的价款。土地收益金的测算主要包含以下因素：①土地用途，即土地使用权按照用途主要分为商业用地、住宅用地、工业用地等类，不同用途收费标准不一样；②房屋所处位置的土地级别；③房屋所在楼层。由此可知，不同用途的土地收费标准不同，当土地用途发生改变时，使用权人应对土地用途改变前后土地使用权价格的差额按规定比例向财政部门缴纳土地收益金。
（2）土地用途发生改变的判断标准。在房屋征收过程中，土地用途不仅关系土地收益金的数额，还关系征收补偿款的数额，因而征收部门应当严格地审查认定土地的用途，以确定土地用途是否发生了改变。判断被征收房屋的土地用途是否发生改变，应当比对房屋征收前后土地用途的性质有无变化，而非对比土地被征收后的用途与房屋所有权证登记的用途或房屋实际用途是否不同。通常情况下，房屋所有权证上记载的用途与土地使用权登记证上记载的用途应当一致，但当二者不一致时，则被征收房屋的原土地用途应当以土地使用权证上的登记为准。
（3）应当补交的土地收益金可以在房屋征收补偿款中直接扣除。商业用房与住宅在征收过程中计算征收补偿款的标准不同，商业用房的征收补偿款要高于住宅。若在征收前房屋所有权人是按照住宅标准缴纳的土地出让金，则房屋被征收后改变为商业用途，且征收部门是按照商业用途对房屋进行评估并补偿的，符合前述土地使用者应当缴纳土地收益金的情形，征收部门在征收补偿款中直接扣除土地使用者应当补交的土地收益金，并载入房屋征收补偿决定中的，符合相关法律规定。
房屋征收案件中仅有补偿决定不合理时的裁判要点：房屋征收拆迁要求征收部门依法作出征收决定与补偿决定，但当二者中仅有补偿决定不合理时，人民法院应当如何进行裁判，我国相关法律法规并未作出明确规定。司法实践中，人民法院裁判征收决定与补偿决定的问题时，应当注意以下三点：
（1）撤销会损害公共利益的行政行为应不予撤销。《行政诉讼法》规定了人民法院确认行政行为违法，但不予撤销的法定情形，其中包括依法应当撤销，但撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的行政行为。人民政府决定征收房屋均是出于公共利益的需要，故就征收决定而言，其一经作出即已经事关公共利益，随意撤销必然会对社会公共利益造成重大损害，故当征收决定不存在损害社会公共利益等明显不当时，不应当随意撤销。
（2）分项裁判不违反法律及行政法规的规定。被征收人与征收部门因征收决定及补偿决定产生争议而提起诉讼时，人民法院应当依法对二者的公平性、合理性，程序及内容的合法性等内容进行全面审慎地审查。其中，针对房屋征收决定合理，但补偿决定不合理的情形，人民法院可以在法定情形下判决撤销或者部分撤销行政行为，并可以判决重新作出行政行为，人民法院判决确认行政行为违法或者无效的，可以同时判决责令被告采取补救措施。因此，人民法院对征收决定和补偿决定进行分项裁判，即维持征收部门作出的房屋征收决定，撤销不合理的补偿决定，并责令征收部门采取相应补救措施的，并不违反法律规定。
（3）分项裁判有利于调整个人利益与公共利益的公正平衡。征收部门所作的征收方案包括征收决定与补偿决定两部分，其中补偿决定与被征收人自身的实际利益更为密切相关，故在实务中，通常情况下被征收人是就征收部门作出的补偿决定不满才要求人民法院判决撤销征收决定，从而达到要求征收部门作出对其更为有利的补偿方案，以获得更多利益的目的。而人民法院在审判过程中对征收决定与补偿决定进行分项判决，对无明显不当的征收决定予以保留，并要求征收部门对因不合理的补偿决定而利益受损的被征收人予以补偿，既避免了撤销征收决定对公共利益造成的不良后果，也对损害被征收人合法权益的行为进行了纠正，有利于调整公共利益与个人利益的公正平衡。
