即使当事人约定管辖法院不够明确，但只要根据管辖协议约定的地域能够确定具体管辖法院的，管辖协议按照有效处理。常见的情形是，当事人仅约定了某一地域的法院，可以按级别管辖标准往上确定具体的法院（上级法院相对于下级法院而言是唯一的），但不能按照级别管辖的标准从上级法院往下确定具体的法院（一个上级法院对应的下级法院一般有多个，特殊情况除外）。
例如，约定“由天津市的法院管辖”，而案件恰好应当由天津高院作为一审法院的，该案由天津高院管辖，该管辖协议有效；如该案仅达到天津基层法院的管辖标准，由于天津基层法院有多个而无法确定具体的法院，该管辖协议无效，只能按照法定管辖规定确定法院。还有一种常见情况，当事人已约定某一具体基层法院管辖，纠纷发生后超出该院级别管辖标准，是否一律以违反级别管辖为由而认定约定无效？这种约定表明双方当事人愿意在该法院所在地进行诉讼，地域管辖是明确的。出于保护当事人的正当预期，应当认定双方选择的地域管辖是有效的，可以结合级别管辖标准确定具体的管辖法院。
第二，管辖协议约定两个以上与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，原告可以向其中一个人民法院起诉，该法院具有管辖权。“因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。”“因共同海损提起的诉讼，由船舶最先到达地、共同海损理算地或者航程终止地的人民法院管辖。”“因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。”上述均规定了两个或两个以上的管辖法院供当事人选择。这就意味着，如果合同当事人不约定发生纠纷时的管辖法院，一方当事人完全可以选择被告住所地法院或是合同履行地法院作为管辖法院，但如果双方当事人订立了协议管辖合同或是条款，其选择就是唯一的，即合同或条款中明确约定的那个法院。
这样，当事人自己限制了诉权的行使，而且易导致当事人在合同谈判过程中因管辖问题形成僵持局面。对于上述法定的两个以上人民法院都有管辖权的案件，原告可以向其中一个法院起诉；原告向两个以上有管辖权的人民法院起诉的，由最先立案的人民法院管辖。所以，在特殊地域管辖及专属管辖允许当事人选择管辖法院的前提下，对于协议管辖的唯一性是不应该苛求的。只要当事人协议选择了与争议有实际联系地点的管辖法院，可以是一处，也可以是多处，一旦当事人发生纠纷，就可以按协议之约定，选择向其中一个法院起诉。如果双方基于同一法律关系或同一法律事实分别向不同的法院起诉，同样先受理的法院取得管辖权。
