因为土地是最为重要的物质财富和生产资料，关系国计民生，所以建设用地使用权的设立和行使既要符合市场化原则，实现土地价值的最大化，也要符合节约集约用地、保护生态环境的要求，并严格遵循土地用途要求。建设用地使用权这种私益性和公益性并存的特点决定了与其他不动产物权相比，在消灭事由上除了抛弃、混同、标的物灭失等物权消灭的一般原因外，还存在特殊事由。
1.建设用地使用权因公共利益提前收回而消灭
建设用地使用权期限届满前，因公共利益需要提前收回该土地的，应当依据《民法典》的规定对该土地上的房屋及其他不动产给予补偿，并退还相应的出让金。《土地管理法》规定，为实施城市规划进行旧城区改建以及其他公共利益需要，确需使用土地的，由有关人民政府自然资源主管部门报经原批准用地的人民政府或者有批准权的人民政府批准，可以收回国有土地使用权。因此，国家作为土地所有权人可因公共利益依法提前收回该土地，并消灭建设用地使用权。此外，《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定，房屋被依法征收的，国有土地使用权同时收回。该条系按照房地一体原则的要求，规定房屋被依法征收的，房屋所有权人丧失所有权，建设用地使用权也同时消灭。
2.建设用地使用权因存续期限届满而消灭
住宅建设用地使用权期限届满的，自动续期。非住宅建设用地使用权期限届满后的续期，依照法律规定办理。土地出让等有偿使用合同约定的使用期限届满，土地使用者未申请续期或者申请续期未获批准的，由有关人民政府自然资源主管部门报经原批准用地的人民政府或者有批准权的人民政府批准，可以收回国有土地使用权。土地使用权出让合同约定的使用年限届满，土地使用者未申请续期或者虽申请续期但依照前款规定未获批准的，土地使用权由国家无偿收回。结合上述三条规定，对于住宅建设用地使用权期限届满的，自动续期，国家无权收回土地；对于非住宅建设用地使用权期限届满，土地使用者未申请续期或者申请续期未获批准的，国家有权收回土地，建设用地使用权随之消灭。
3.建设用地使用权因违法审批、行使等被收回而消灭
首先，因闲置土地被收回。超过出让合同约定的动工开发日期满1年未动工开发的，可以征收相当于土地使用权出让金20%以下的土地闲置费；满2年未动工开发的，可以无偿收回土地使用权；但是，因不可抗力或者政府、政府有关部门的行为或者动工开发必需的前期工作造成动工开发迟延的除外。其次，因违反土地用途等被收回。未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，或者对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，或者不按照批准的用途使用国有土地的，国家有权责令交还土地。最后，因无权审批被收回。
无权批准征收、使用土地的单位或者个人非法批准或越权批准占用、使用土地的，或者不按照土地利用总体规划确定的用途批准用地的，或者违反法律规定的程序批准占用、征收土地的，其批准文件无效，国家应当收回非法批准、使用的土地。上述三种情形主要系存在违法用地行为而由国家有权机关实施的行政处罚措施。有观点认为，应在《民法典》物权编中规定出让人的撤销权，即建设用地使用权人实施上述违法行为，国家有权撤销建设用地使用权并收回土地。但立法机关未采取该种观点，仍保持《民法典》物权编与《土地管理法》共同规范，民事责任与行政责任并行聚合的模式。
4.建设用地使用权出让合同无效、被撤销及被解除
因出让主体不适格、出让方式不合法、竞买人等通过提交虚假文件或恶意串通等导致出让合同无效，或者因受让人未依约交付土地出让金、未按合同约定用途使用土地等导致出让合同被解除的，应根据合同无效或解除的法律效果处理，即受让人应返还已取得的土地，建设用地使用权随之消灭。
5.其他情形：因单位撤销、迁移等原因，停止使用原划拨的国有土地的，公路、铁路、机场、矿场等经核准报废的，国家可收回建设用地使用权。
