关于土地经营权的设立或取得时间，存在一定的争议，主要存在以下两种观点：（1）意思主义模式。该观点认为，土地经营权的设立，仅需要流转土地经营权合同双方当事人达成合意，经由合同成立、生效而取得土地经营权，并不需要以登记为设立要件。若采用物权形式主义模式，即在登记之后设立物权，则意味着在合同生效之后，登记之前的一段时间内，流转土地经营权合同之权利人并未取得土地经营权，形成了“权利真空”期间。而此期间，土地信息处于“静止”状态，不涉及第三人和交易风险，无必要采用物权形式主义模式。（2）物权形式主义模式。该观点认为，土地经营权流转发生法律上变更的效力，除当事人之间对于不动产物权变更之合意外，还须进行登记法定程序，不登记则物权变动不生效，以此引导经营者进行登记。如土地经营权流转不以登记为权利变更的生效要件，则农地流转时登记无法反映真实、充分、有效的农地信息，不仅农地潜在受让方无法获得有效的农地信息而承担信息风险并增加交易成本，而国家也无法获取连续、有效的农地信息。
法律明确流转期限为5年以上的土地经营权自流转合同生效时设立。关于合同生效时间的判断问题，一般而言，合同成立之日即为合同生效之时，也即合同成立并生效。同时，根据物权公示公信原则，物权依法律行为发生变动必须进行公示。本条规定土地经营权是否登记赋予当事人选择权，如当事人申请登记，则需要到登记机关进行登记。但当事人未进行登记的，不影响土地经营权的设立。
此规定则是对《民法典》有关“不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外”的规定，作了特殊的指引和规定。之所以作这样的制度安排和设计，原因在于设立土地经营权的目的在于明确和保护经营主体通过流转合同取得土地经营权。特别是实践中存在着期限长短不一的经营者。为实现加快放活土地经营权之目的，对土地经营权设立生效条件的规定严格的程序，则与前述目的相悖，既不符合客观实际情况，也加重了当事人的负担。为此，在此情况下，赋予当事人之登记选择权，不失为一种高超的制度设计。
