因行政机关对林地、林木所有权或者使用权所作的确权决定引发的争议，或者因登记机构拒绝登记、错误登记林地、林木登记行为引发的争议，属于行政争议，应当通过行政诉讼解决。同时根据《行政诉讼法》的规定，在涉及行政许可、登记、征收、征用和行政机关对民事争议所作的裁决的行政诉讼中，当事人申请一并解决相关民事争议的，人民法院可以一并审理。在行政诉讼中，人民法院认为行政案件的审理需以民事诉讼的裁判为依据的，可以裁定中止行政诉讼。人民法院在当事人提起的民事诉讼中无法对行政确权决定等行政行为的效力作出评判，易出现审判权与行政权的冲突。采取行政附带民事诉讼的方式可以一并解决行政行为的合法性以及林权归属、内容等相关民事争议，实质性解决纠纷。
司法实践中有一个误区，认为只要是林地、林木的归属或内容发生争议，即属于《森林法》规定的权属争议，须由人民政府先行处理。准确认识不动产登记的法律性质，需要正确区分不动产登记与行政确权之间的关系。在土地、林地、草原、滩涂等自然资源领域，根据法律规定，存在人民政府进行权属确认的程序。《土地管理法》《森林法》《草原法》等法律中关于“登记造册、核发证书”的规定，仅指人民政府为建立地籍簿而进行的登记发证行为，即关于自然资源所有权与使用权的“总登记”，非指《民法典》物权编中的不动产登记发证行为。根据原国家土地管理局印发的《土地登记规则》的解释，“土地登记分为初始土地登记和变更土地登记。初始土地登记又称总登记，是指在一定时间内，对辖区全部土地或者特定区域的土地进行的普遍登记；变更土地登记，是指初始土地登记以外的土地登记，包括土地使用权、所有权和土地他项权利设定登记，土地使用权、所有权和土地他项权利变更登记，名称、地址和土地用途变更登记，注销土地登记等”。政府对林地等自然资源进行登记造册、核发证书的前提之一，是不得存在权属争议，如有争议则须先行提请行政机关对存在争议的自然资源的所有权或者使用权进行确权，确权后方可凭确权文件进行登记。
关于颁证行为是否属于确权行为的问题，《最高人民法院行政审判庭关于行政机关颁发自然资源所有权或者使用权证的行为是否属于确认行政行为问题的答复》（〔2005〕行他字第4号）中明确，行政确认行为是指“当事人对自然资源的权属发生争议后，行政机关对争议的自然资源的所有权或者使用权所作的确权决定。有关土地等自然资源所有权或者使用权的初始登记，属于行政许可性质，不应包括在行政确认范畴之内”。可见，行政确权与不动产登记不可混为一谈，只有在初始登记过程中发生的权属争议适用《森林法》规定，行政确权为法定前置程序。自然资源总登记后，因具体物权变动引发的纠纷不属于权属争议，并不要求行政确权前置。《国土资源部办公厅关于土地登记发证后提出的争议能否按权属争议处理问题的复函》（国土资厅函〔2007〕60号）明确：“土地权属争议是指土地登记前，土地权利利害关系人因土地所有权和使用权的归属而发生的争议。土地登记发证后已经明确了土地的所有权和使用权，土地登记发证后提出的争议不属于土地权属争议。”原国土资源部《土地权属争议调查处理办法》再次明确，农村土地承包经营权争议案件、土地侵权案件不作为土地权属争议案件受理。此处的土地，根据《土地管理法》以及《农村土地承包法》规定，包括林地。只有当事人之间的权属争议是因人民政府进行初始登记引起时，才能认为与行政确权有关，否则就不能要求行政确权前置；当事人取得权利后的交易过程中，登记机构所进行的登记发证行为不属于行政确权行为，因交易行为引发的林权归属、内容争议属于当事人之间的民事纠纷，应由人民法院主管。
根据有关数据，集体所有林地中已确权面积达97%。实践中大多数自然资源确权决定是在初始登记前作出，但有少数情形系初始登记后因存在重复登记等原因又进行了二次确权。绝大多数林地、林木的物权归属、内容争议案件，不属于《森林法》规定的权属争议案件，而属于民事案件。据此，本条解释以两个条款，从正反两方面分别规定，当事人因作为物权变动原因的民事行为，对林地林木的物权归属、内容产生争议，行使物权确认请求权的，人民法院应当作为民事案件依法受理；当事人因对行政机关作出的林地林木确权、登记行为产生争议，提起民事诉讼的，人民法院要告知其依法通过行政复议、行政诉讼程序解决。此处对受理强调了“依法”的要求，依法不应由人民法院直接受理的案件，或者不应当作为民事案件受理的案件，应告知当事人另寻其他途径解决。
