行政协议的起诉期限有较大的特殊性，其中起诉的内容可分为两种情形：（1）对行政机关不依法履行、未按照约定履行协议提起诉讼的；（2）对行政机关变更、解除协议等相关的单方行政行为提起诉讼的。同时，还有两点考虑：
1.目前起诉期限不能包括所有的行政协议争议
（1）行政协议诉讼中存在多种诉请，有的是请求撤销行政协议履行过程中行政行为的、有的是请求确认行政协议效力的、有的是请求行政协议履行的等。而《行政诉讼法》及其司法解释规定的6个月、1年和5年的规定，仅仅适用于行政协议中行政机关作出的单方行政行为。（2）不能包括无效的行政协议。对于无效的行政协议，《行政诉讼法》的起诉期限是否适用仍然不够明确。（3）不能包括对协议订立行为的起诉。一段时间以来，对于协议订立是否可以提起诉讼，还存在一定争议。从域外的情况来看，对于协议形成争议属于典型的行政协议诉讼。此外，对于行政协议而言，协议订立过程中体现了较多的行政性，例如，公开招标、磋商、邀请发价等程序已经属于协议订立的重要行政程序。对协议订立行为的起诉，一般应当参照适用民事诉讼时效的规定。（4）不能包括可能的可撤销协议。在《行政协议规定》制定之前，在行政协议领域是否存在或者是否要实行可撤销合同制度，还有不小的争议。如果要建立可撤销协议制度，可撤销协议的起诉期限与其撤销权、变更权直接相关，也与现行的起诉期限存在较大差异。
2.诉讼时效制度有利于保障行政协议当事人的合法权益
（1）民事法律规范规定的诉讼时效制度一般都长于行政诉讼中的起诉期限。对于公法契约纠纷，如果当事人要求行政机关履行，行政机关拒不履行或者拖延履行，公民可以提起不作为之诉。起诉期限制度在实质意义上是不必遵守的，实践中一般将1年作为法律保护的期间。我国民事诉讼中一般诉讼时效为2年，比行政诉讼一般起诉期限要长很多。可见，如果在行政诉讼中，对行政协议纠纷适用行政行为的起诉期限，不仅不科学，而且也不利于保护行政相对人的合法权益。（2）各国和地区在设定时效制度时，一般都将原告是否知道损害发生作为一个重要的考虑因素，并且一般都不对不知道损害发生的情况作出特殊规定。在行政协议纠纷中，特别是行政机关不依法履行或者未按照约定履行情形中，并没有行政行为的存在，无法适用6个月、5年和20年的起诉期限。（3）诉讼时效制度中的中止、中断制度较行政诉讼中起诉期限扣除制度更有利于保护公民合法权益。（4）诉讼时效制度并非起诉条件之一。对于针对行政行为的撤销诉讼，起诉期限是起诉条件之一，而在民事诉讼中，即便超过诉讼时效的，人民法院也应当受理。
例如，《民事诉讼法解释》规定，当事人超过诉讼时效期间起诉的，人民法院应予受理。受理后对方当事人提出诉讼时效抗辩，人民法院经审理认为抗辩事由成立的，判决驳回原告的诉讼请求。
据此，《行政协议规定》规定：“公民、法人或者其他组织对行政机关不依法履行、未按照约定履行行政协议提起诉讼的，诉讼时效参照民事法律规范确定；对行政机关变更、解除行政协议等行政行为提起诉讼的，起诉期限依照行政诉讼法及其司法解释确定。”
