行政机关在行政协议中约定义务，属于行政机关签订行政协议的行为。行政机关签订行政协议行为是否合法，应当依照行政诉讼法的规定，依据法律、法规，参照规章进行审查，不能根据合同法关于合同的有效性的规定进行审查。行政机关在其自由裁量权范围内实施的行政协议行为，才是合法有效的。同时，对于违法的行政协议行为，人民法院并非一律判决撤销或者确认无效，撤销违法行政协议行为将会损害国家利益、公共利益，或者行政协议行为轻微程序违法对当事人权利义务不产生实际影响的，人民法院可以判决确认行政协议行为违法，不撤销保留效力，在监督行政协议行为合法性的同时，确保行政协议得到实际履行。
依法行政包含行政机关签订行政协议行为也必须符合法律规定。行政协议案件既然明确为行政诉讼的受案范围，对行政协议行为的合法性，就应当按照行政诉讼法关于对被诉行政行为合法性的审查标准进行审查，不能按照行政合同的有效、无效标准审查行政行为的合法性。合同有效、无效，仅仅是合同内容的实体审查，而对行政协议行为的合法性审查，包含了对主体是否越权、行政程序是否合法、适用法律法规是否正确、主要事实是否清楚、是否存在滥用职权、明显不当情形等多方面的审查。
行政机关能够与相对人签订行政协议的基础，与行政诉讼中被告与原告能够达成调解协议的基础是相同的，根据《中华人民共和国行政诉讼法》规定，在人民法院的主持下，达成调解协议，行政机关尚需遵循合法性原则，只有行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权的案件才可以调解，诉讼外行政机关与行政相对人达成协议，更要遵守合法性原则，在其自由裁量权范围内处分其权力才是合法有效的。行政协议行为的内容超越行政机关自由裁量权，无论是侵犯国家利益、公共利益，还是侵犯行政相对人的合法权益，都是违法的、不能继续履行的。
