鉴定程序可以因当事人申请启动，也可以由人民法院依职权启动。对于待证事实负有举证责任的当事人，若待证事实涉及专门性问题需要鉴定的，该当事人负有申请的义务。如果其未申请鉴定导致待证事实无法借助鉴定意见进行判断而真伪不明的，由该当事人承担不利后果。
首先，申请鉴定是当事人的一项权利。除非涉及人民法院依职权启动鉴定的情形，一般情况下，鉴定程序多因当事人申请而启动，这也是强化当事人的举证责任、建立现代民事审判制度的客观要求。人民法院对于当事人申请鉴定的权利应当予以保护。对查明案件事实的专门性问题需要进行鉴定的，当事人有权提出申请。
其次，要发挥人民法院对于是否启动鉴定的审查权作用。对于当事人就专门性问题向人民法院申请启动鉴定的，是否准许由人民法院决定。也就是说，并非只要当事人提出启动鉴定的申请，人民法院就一定会启动鉴定。人民法院经审查认为，当事人申请鉴定的专门性问题与待证事实无关联（此种情况下，鉴定意见必然因欠缺证据的关联性而不具有证据能力）、对于证明待证事实无意义以及其他无鉴定必要的，人民法院可不予准许当事人的申请。
这是考虑到一旦启动鉴定，鉴定的时间往往较长，一定程度上影响当事人胜诉权的早日实现，且在人民法院认为根据在案证据已经能认定事实的情况下，可以不允许启动鉴定。如果认为确有启动鉴定的必要，对双方当事人均申请鉴定，或者一方当事人申请、另一方当事人同意的，人民法院应当启动鉴定程序；如果只有一方当事人申请鉴定，鉴定的内容经审查确为查明案件事实的专门性问题，另一方当事人虽然不同意，人民法院一般也应允许启动鉴定。
最后，关于鉴定人的确定。确定鉴定人的两种方式，即协商和指定。要注意把握的一点是，鉴定人的确定，优先采用当事人协商的方式，在协商不成的情况下，人民法院才可以指定鉴定人。在当事人申请鉴定的情况下，如果直接由法院指定鉴定人，既没有尊重当事人的意见，也容易导致当事人对鉴定人产生不信任的情绪，触发重新鉴定的问题。为在程序上公正地保障当事人的诉讼权利，应当由双方协商确定鉴定人，这体现了对当事人意愿和诉讼权利的尊重，可以避免当事人对法院和鉴定人中立性的质疑，鉴定意见才可能让当事人心服口服，有利于案结事了。
