国有土地使用权出让合同是行政主体与民事主体签订的旨在实现各自利益的合同，行政主体代表国家作为土地所有者的一方，还兼有土地管理者的身份，这种双重身份的存在，使该类合同既有行政性，又有契约性，导致理论界和实务界对其性质的认识存在较大分歧。目前我国立法上对国有土地使用权出让合同的性质并无统一界定，这对合同当事人利益的保护和土地使用的管理秩序带来一定的困扰，引发一定程度上的混乱。
从规范层面看，《行政诉讼法》及其司法解释的规定是很多学者和法官认为国有土地使用权出让合同是行政协议，对有关纠纷应适用行政诉讼程序解决的法律依据。行政诉讼的受案范围，其中规定：“认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的。”这里以列举加概括的方式规定可提起行政诉讼的协议，此处的“等”字显然应作扩大性理解，甚至可以认为国有土地使用权出让合同属于该类协议。当然，如果说这里没有明确国有土地使用权出让合同属于行政协议，难以作上述认定的话，也能说得过去。
“行政机关为实现公共利益或者行政管理目标，在法定职责范围内，与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议，属于行政诉讼法规定的行政协议。”其他行政协议”作为兜底性规定，很多人据此都将国有土地使用权出让合同归入其中。另外，从一些地方的政府规章内容看，几乎无一例外地将国有土地使用权出让合同认定为行政合同。
国有土地使用权出让合同的民事契约性十分明显。“土地使用权出让是指国家以土地所有者的身份将土地使用权在一定年限内让与土地使用者，并由土地使用者向国家支付土地使用权出让金的行为。土地使用权出让应当签订出让合同。”“土地使用权出让合同应当按照平等、自愿、有偿的原则，由市、县人民政府土地管理部门与土地使用者签订。”从这些规定看，明显是把国有土地使用权出让合同当成民事合同对待的。
土地使用权出让合同，是指市、县人民政府土地管理部门作为出让方将国有土地使用权在一定年限内让与受让方，受让方支付土地使用权出让金的协议。”这里也是将国有土地使用权出让合同认定为民事合同。最高人民法院颁布的《民事案件案由规定》中，合同纠纷就包括建设用地使用权出让合同纠纷。
在由最高人民法院审理的国有土地使用权出让合同纠纷案件中，有些是按民事案件审理的，有些是按行政案件审理的。而在最高人民法院2016年指导案例第76号萍乡市亚鹏房地产开发有限公司诉萍乡市国土资源局不履行行政协议案的裁判理由中认为“行政协议是行政机关为实现公共利益或者行政管理目标，在法定职责范围内与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议，本案行政协议即是市国土局代表国家与亚鹏公司签订的国有土地使用权出让合同”。
尽管有如此明确的说明，但其指导作用极为有限。实际上在此指导案例发布之后，实务审判中仍有不同的裁判认定。这不仅给学习研究者带来困惑，也使当事人的司法救济机制变得不可预期，而且会产生同案不同判的现象，严重影响规范审判实务、提升司法公信力及保证裁量均衡的实现。对国有土地使用权出让合同进行准确定性，既是正确高效适用法律解决纠纷的前提，也是统一裁判尺度的必然要求。
