农村宅基地，是农村的农户或个人用作住宅基地而占有、利用本集体所有的土地，可以依法进行流转。但在流转过程中，会出现违反法律或行政法规的强制性规定的无效流转行为，此时，在无效流转的宅基地上建造的违章建筑的物权纠纷问题应当如何解决，在司法实践中始终存在一些争议，解决此类问题时，应当注意以下三点：（1）农村宅基地的特点及流转限制。
农村宅基地在一定程度上具有社会保障功能，其主要有下几个特点：①宅基地使用权的主体应当是集体经济组织成员；②农民取得宅基地使用权后只能在该土地上建造房屋，并将其当作自有住房，作为生活资料使用，不得商用；③宅基地使用权具有福利性和无期限性。上述特点使宅基地使用权人可以获得基本稳定的居住条件，故出于维护农村集体经济组织成员间社会关系的团结稳定，对于其流转也应当加以限制。
农村居民转让宅基地使用权时，应当受到以下限制：首先，宅基地使用权的流转只能发生在同一村集体内部成员之间，以避免宅基地使用权落到非集体成员手中，损害本村其他村民的合法权益；其次，基于宅基地的社会保障性质，其仅保障权利人的基本生活，故受让方不能拥有多处住宅；最后，宅基地的面积也具有一定的限制，通常以户口上的人数作为计算标准。此外，相关权利人转让、出租宅基地的，也不得再申请宅基地。对于不符合上述条件的宅基地转让行为，应视为无效的转让行为，不受法律保护。（2）因农村土地无效流转引发诉讼纠纷的处理程序。
当土地权属发生争议时，应当先由各方当事人进行协商解决，协商不成的，则由人民政府进行处理；若当事人对有关人民政府的处理决定不服，可以自接到处理决定通知之日起30日内，向人民法院起诉。由此可知，由人民政府先行处理土地权属争议是人民法院进行审理的前置程序，在人民政府作出处理决定之前，人民法院不能直接进行审理。就无效流转的宅基地上的违章建筑而进行的总体的所有权确认问题，显然不属于人民法院的受案范围，对于相关当事人的起诉，人民法院应当裁定驳回；但若当事人仅就有限的占有权、居住权、使用权等权利提起诉讼，则人民法院应当审理。
（3）违章建筑的权利确认问题。违章建筑，是指在城市规划区内，未取得建设工程规划许可证或违反建筑工程规划许可证的规定建设的，或采取欺骗手段骗取批准而占地新建、扩建和改建的建筑物，其具有先天的违法性，行政执法机关有权对违建单位作出限期整改、罚款、拆除等行政处罚，故违章建筑并不具有完整的物权。若保护违章建筑建造人的所有权，则显然不利于维护社会公共秩序，故对于当事人请求确认其享有违章建筑所有权的，人民法院应当不予支持。
但除所有权之外，违章建筑并非任何权利都不享有，若全面否定违章建筑的所有权利，显然也不利于维护当事人的财产权利以及社会稳定，同时也会造成社会资源的浪费，故应当在私法领域内，合理有限地保护建造人对违章建筑的占有权和使用权。
