宅基地使用权性质为不动产物权，而不动产物权登记的效力问题，从各国法律规定看，立法模式不尽一致，大致存在三种模式：一是登记对抗要件主义，其要求不动产物权的变动，在当事人之间，不需进行登记即可发生法效力，但仅在登记后，才发生对抗第三人的效力，未经登记的，不得对抗善意第三人。二是登记生效主义，其要求不动产物权的变动，必须进行登记，如未登记，则不发生物权变动效力。不强制一切土地所有权、他项权利申请登记。但一经登记，其后发生的房地产权利变更或者设立，非经登记，不生效力。
关于物权登记模式问题，我国立法规定了以登记生效主义为原则、以登记对抗主义为例外的模式。“不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。”“依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。”而针对宅基地使用权的登记效力，在法律未有例外规定的情况下，应采取登记生效主义，即宅基地使用权的登记具有物权效力，未经登记的，不具有物权效力。
根据宅基地使用权登记的种类不同，宅基地使用权登记则具有不同的类别。基于宅基地使用权的流转和消灭而办理的登记，则分为变更登记和注销登记。当宅基地使用权转让后，则宅基地使用权的主体发生了变更，即从一个权利主体变更为另一个权利主体，在此情况下，基于登记生效主义之要求，为保护权利主体的权利，应及时办理变更登记。
同样，在宅基地使用权消灭时，比如宅基地因自然灾害灭失或者被征收时，宅基地使用权不复存在，在此情况下，应办理注销登记。宅基地因自然灾害等原因灭失的，宅基地使用权消灭。对失去宅基地的村民，应当依法重新分配宅基地。在此情况下，失去宅基地使用权人申请重新分配土地，如不进行注销登记，则宅基地使用权人名下仍有登记的宅基地使用权，将影响宅基地使用权人相关权益的行使。
宅基地使用权的登记规则。从现行法律、法规的规定看，针对不动产的登记问题，《不动产登记暂行条例》和《不动产登记暂行条例实施细则》进行了细化、明确。针对宅基地使用权的登记问题，宅基地使用权属于依照该条例的规定办理登记的事项。而针对具体的登记规则，“登记程序”中则有所涉及。宅基地使用权登记申请的提出，《不动产登记暂行条例》明确了哪些情形应由当事人双方共同申请，哪些情形可由当事人单方申请。
对于宅基地登记申请人在申请登记时应提交的材料，《不动产登记暂行条例》明确申请人应提交以下材料：（1）登记申请书；（2）申请人、代理人身份证明材料、授权委托书；（3）相关的不动产权属来源证明材料、登记原因证明文件、不动产权属证书；（4）不动产界址、空间界限、面积等材料；（5）与他人利害关系的说明材料；（6）法律、行政法规以及条例实施细则规定的其他材料。而《不动产暂行登记条例实施细则》则在《不动产登记暂行条例》的基础上对相关问题作了进一步的明确。
在受理当事人申请后，不动产登记机构负有审查职责。就不动产登记所负有的审查职责是实质审查还是形式审查问题，学界一直存在争议。法律并未明确不动产登记机构的审查职责是实质审查还是形式审查。但从《不动产登记暂行条例》的相关规定看，不动产登记机构要对申请人提交的材料进行实质审查，必要时还要进行查验、实质查看和调查。对当事人提出的登记申请的审查，不动产登记机构应进行实质审查。
