首先，设立国有建设用地使用权必须依法登记。不动产登记，是指不动产登记机构依法将不动产权利归属和其他法定事项记载于不动产登记簿的行为。依法取得国有建设用地使用权，可以单独申请国有建设用地使用权登记。
“申请国有建设用地使用权首次登记，应当提交下列材料：（一）土地权属来源材料；（二）权籍调查表、宗地图以及宗地界址点坐标；（三）土地出让价款、土地租金、相关税费等缴纳凭证；（四）其他必要材料。”这里所谓的土地权属来源材料，则根据权利取得方式的不同，包括国有建设用地划拨决定书、国有建设用地使用权出让合同、国有建设用地使用权租赁合同以及国有建设用地使用权作价出资（入股）、授权经营批准文件。
其次，国有建设用地使用权自登记时设立。建设用地使用权适用登记生效的原则，即建设用地使用权出让合同的生效只是在当事人之间发生合同关系，并不当然导致物权变动，只有办理完登记手续后才能导致物权设立的效果，受让人才能取得建设用地使用权。当然，即使当事人没有办理登记，也不会影响出让合同的效力，当事人仍然可以根据有效的出让合同要求当事人办理登记或承担违约责任。
最后，登记机构应当向建设用地使用权人发放权属证书。在当事人办理登记之后，登记机构应当向建设用地使用权人发放权属证书。权属证书是建设用地使用权人享有建设用地使用权的凭证，在产生权利争议的情况下，权属证书也是证明权利人享有建设用地使用权的有效凭证，而且在建设用地使用权转让或设立抵押时通常也需要出示权属证书。当然，如果权属证书和不动产登记簿的记载内容不一致的，则应以登记记载的内容为准。
