（1）责令限期改正。拒不履行土地复垦义务的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正。土地复垦义务人必须依照主管部门规定的期限，制定土地复垦方案、建立土地复垦质量控制制度，开展土地复垦工作，同时应当遵守有关土地复垦的国家标准和行业标准。只有按照规定的期限和要求完成土地复垦工作，并经有关主管部门验收合格，才算达到了限期改正的要求，否则还要承担其他的法律责任。
（2）责令缴纳复垦费。对拒不履行土地复垦义务，被责令限期改正后，逾期不改正的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令缴纳复垦费。土地复垦费是有关主管部门代为组织土地复垦工作的费用，其主要用途是完成土地复垦的任务，不是针对拒不履行土地复垦义务的罚款。土地复垦义务人缴纳的土地复垦费专项用于土地复垦。任何单位和个人不得截留、挤占、挪用。确定土地复垦费的数额，应当综合考虑损毁前的土地类型、实际损毁面积、损毁程度、复垦标准、复垦用途和完成复垦任务所需的工程量等因素。土地复垦费的具体征收使用管理办法，由国务院财政、价格主管部门商国务院有关部门制定。
（3）罚款。对拒不履行土地复垦义务，被责令限期改正后逾期不改正的，县级以上人民政府自然资源主管部门在责令其缴纳土地复垦费的同时，可以处以罚款。处以罚款和责令缴纳土地复垦费性质不同，在具体执法过程中必须予以区别，不能混为一谈。土地管理法实施条例对依本条的规定处以罚款的数额进行了细化规定，即“罚款额为耕地复垦费的2倍以下”。“可以”处以罚款，即是授予了执法部门对该行政处罚的自由裁量权。根据违法行为的性质、情节、危害等多种因素，执法部门可以对违法行为人处以罚款，也可以不处以罚款。如果违法行为人及时、积极地采取了补救措施，且复垦效果良好的，执法部门可以不处或少处罚款。
