由于我国人口众多，人均耕地较少，且耕地后备资源不足，因此切实保护耕地成为我国土地管理法的一项重要内容。为此，《土地管理法》设立了“耕地保护”专章，从强化保障耕地的数量和质量措施两个方面加大了对耕地的保护。其主要内容有：
1.实行占用耕地补偿制度。为了防止非农业建设导致耕地减少，我国实行占用耕地补偿制度，即非农业建设经批准占用耕地的，按“占多少，垦多少”的原则，由占用耕地的单位负责开垦与所占用耕地的数量和质量相当的耕地；没有条件开垦或开垦的耕地不符合要求的，应当按照省级人民政府的规定缴纳耕地开垦费，专款用于开垦新的耕地。省级人民政府应当制定开垦耕地计划，监督占用耕地的单位按照计划开垦耕地或者按计划组织开垦耕地，并进行验收。
2.实行耕地总量不减少措施。省级人民政府应当严格执行土地利用总体规划和土地利用年度计划，采取措施，确保本行政区域内耕地总量不减少；耕地总量减少的，由国务院责令在规定期限内组织开垦与所减少耕地的数量与质量相当的耕地，并由国务院土地行政主管部门会同农业行政主管部门验收。个别省、直辖市确因土地后备资源匮乏，新增建设用地后，新开垦耕地的数量不足以补偿所占用耕地的数量的，必须报经国务院批准减免本行政区域内开垦耕地的数量，进行易地开垦。
3.实行基本农田保护制度。基本农田，是指按照一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求，依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地。基本农田保护区，是指为对基本农田实行特殊保护而依照法定程序划定的特定保护区域。1《农业法》首次规定了“县级以上各级地方人民政府应当划定基本农田保护区，对基本农田保护区内的耕地实行特殊保护”。实践证明，基本农田保护制度是行之有效的。
《土地管理法》再次明确规定了“国家实行基本农田保护制度”。同年底，经国务院修改发布的《基本农田保护条例》，对基本农田保护的方针、管理体制、保护区的划定、保护措施和监督管理作了更为具体的规定。基本农田保护实行全面规划、合理利用、用养结合、严格保护的方针。基本农田保护区的保护可以分为数量保护和质量保护两个方面；土地行政主管部门侧重基本农田的数量保护，农业行政主管部门侧重基本农田的质量保护。
4.节约使用土地，禁止闲置、荒芜耕地。非农业建设必须节约使用土地，可以利用荒地的，不得占用耕地，可以使用劣地的，不得占用好地。禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，禁止占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼。禁止任何单位和个人闲置、荒芜耕地。
5.鼓励开发未利用的土地。国家鼓励单位和个人按照土地利用总体规划，在保护和改善生态环境、防止水土流失和土地荒漠化的前提下，合理开发未利用的土地，并依法保护开发者的合法权益。适宜开发为农用地的，应当优先开发成农用地。
6.鼓励土地整理，提高耕地质量。为提高耕地的质量，增加有效耕地面积，改善农业生产条件和生态环境，“国家鼓励土地整理”。土地整理是对既有的耕地追加投入和劳动，并通过调整土地结构和利用方式，改善土地环境，达到提高土地质量和利用效率的一整套综合整治措施。这是一项见效快、质量高、投入少的系统工程，是增加有效耕地面积，实现耕地总量动态平衡的重要途径。
7.加强土地复垦，优先用于农业。土地复垦，是指对在生产建设过程中因挖损、塌陷、压占等造成破坏的土地采取整治措施，使其恢复到可供利用的状态的活动。它是充分利用土地资源、防止环境破坏、减少土地浪费、缓解土地供求矛盾的重要措施。土地复垦是造成土地破坏者的法定义务，应当按照“谁破坏、谁复垦”的原则对土地进行复垦。土地复垦规划，应当与土地利用总体规划相协调。我国《土地管理法》《矿产资源法》等多部法律都对土地复垦作了规定。
8.防止土地退化、污染和破坏。当前，土地荒漠化、盐渍化、水土流失和污染，是我国许多地区的耕地受到的主要威胁。为此，各级人民政府应当采取措施，引导因地制宜轮作休耕，改良土壤、提高地力。维护排灌工程设施，防止土地荒漠化、盐渍化、水土流失和污染土地。应注意在利用工业废水和城市污水进行灌溉时防止污染土壤。
