被告或者其他行政机关由于国家利益、社会公共利益的需要，依法行使职权，导致原告造成损失，被告或者其他行政机关应当予以补偿。本条规定赋予的是行政协议当事人一方的行政相对人的补偿权益，并不是赋予行政机关行政优益权。而行政机关的行政优益权是客观存在的。就像《刑法》当中规定了各类犯罪行为，目的在于惩罚犯罪，并非赋予公民的犯罪权利一样。行政机关行使行政优益权，如果是合法的，那么行政相对人应当获得补偿；如果是违法的，那么行政相对人应当获得赔偿。因此，本条是赋权条款，是赋予行政相对人救济权利的条款。
须因行政优益权的行使导致原告履行不能、履行费用明显增加或者遭受损失。履行不能，是指由于被告或者其他行政机关行使行政优益权的行政行为，导致原告在客观上不能履行行政协议；履行费用明显增加，是指由于被告或者其他行政机关行使行政优益权的行政行为，导致行政协议约定的履行费用，超出约定的范围；遭受损失，是指由于被告或者其他行政机关行使行政优益权的行政行为，导致原告在行政协议履行过程中遭受了不能预见的损失。
补偿的方式主要包括：金钱补偿。即由行政机关给付一定数额的金钱以弥补相对人所受到的损失。金钱给付义务是种类物而非特定物给付，原告请求判决被告行政机关限期履行金钱给付义务的，人民法院应当明确判决给付的具体数额，因拖延履行支付义务造成损失的，可以一并判决支付利息。
返还财物。因行政机关行使行政优益权的行为导致终止履行后，当事人有权要求对方返还因履行行政协议取得的财物，并可以主张返还财物自身产生的孳息。对于有体物的返还，应当尽量返还原物，如果该物并非特定物，应当返还相同的种类物；对于权利性质的财产，比如股票、债券等，应当及时返还票据、变更权利登记等；对于知识产权，应当立即停止使用等。
恢复原状。即将当事人的权利义务恢复到协议履行之前的状态，包括修理、重作、更换和消除影响等。此外，补偿的方式还包括《行政诉讼法》规定的采取补救措施等。
