意思要素是指行政主体与行政相对人签订行政协议必须经过协商，意思表示一致。行政协议虽然属于广义上的行政行为，行政协议中行政主体也有一些行政优益权，但是，这并不妨碍行政协议“合意性”“契约性”的一面。行政协议的签订必须尊重相对人的签约意愿，行政主体不得强迫行政相对人签订行政协议。从这个意义上讲，民法上的一些基本原则，诚信、平等、自愿、有偿等原则也同样适用于行政协议。行政协议签订后，行政主体和行政相对人都要受到行政协议的约束，双方都要遵守和履行行政协议约定的义务，否则应当承担相应的违约责任。《行政协议规定》明确规定，行政协议应当“协商订立”。
行政协议的主体要素：《民法典》合同编等民事法律规范规定民事合同的主体是平等主体的自然人、法人或者其他组织。行政协议的主体则是行政主体和行政相对人，其中行政主体是不可缺少的主体。在法国，行政合同的当事人中，最少必须一方是公法人（行政主体），只有国家、地方团体和公务法人才能签订行政合同。行政合同的当事人必须有一方是行政主体，这是一切行政合同所必须具备的条件。
行政主体与行政相对人的地位并不完全对等，双方属于行政法律关系，在行政协议的履行过程中，为了实现行政管理目标，行政主体始终处于主导地位。此外，行政相对人是行政协议的另一方主体。《行政协议规定》表述为“行政机关”与“公民、法人或者其他组织”。对于行政机关与行政机关签订的协议，并非基于外部行政法律关系，不属于《行政诉讼法》意义上的行政协议。
行政协议的目的要素:行政协议与民事合同最大的不同首先就在于目的的不同。“为实现公共利益或者行政管理目标”是为了体现其公法性。例如，在土地房屋征收补偿领域，相关法律规定行政机关的征收行为必须“为了公共利益”。为了公共利益的需要，国家可以征收国有土地上单位和个人的房屋，并依法给予拆迁补偿，维护被征收人的合法权益；征收个人住宅的，还应当保障被征收人的居住条件。当然，在大多数情况下，由于行政机关既具有行政管理的职能，也具有提供公共服务的职能，所以，“实现行政管理目标”与“实现公共服务目标”存在重合。一般来讲，行政机关实现行政管理目标的主要方式是其作出单方的行政行为。在特定情况下，行政机关可以为了“实现行政管理目标”而将原本属于单方行政行为的事项转换为行政协议。
在司法实践中，需要注意以下两个问题：并非行政机关与公民签订的任何协议都属于行政协议。如果行政机关并非为了公共利益或者行政管理目标签订的协议，应当认定为民事合同。行政机关购买办公用品、签订办公用房租赁合同、单位职工宿舍楼建设合同等，均属于民事合同。
目的要素并非要求行政主体的协议完全符合“为了实现行政管理目标”或者“公共服务目标”。有些行政协议在满足行政管理或者公共服务目标的同时，也会使行政相对人得到利益，这种协议仍然符合行政协议的目的要素。这种目的要素是指引和规范行政主体的签约行为，相对人不能认为行政主体签订协议是为了“增加财政收入”等认为这种协议不是行政协议，而向法院提起民事诉讼。
