公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，作出行政行为的行政机关是被告。这是一个原则性的、基本性的规定。这里所称行政行为，包括法律、法规、规章授权的组织作出的行政行为。由法律、法规、规章授权的组织所作的行政行为，该组织是被告。这里的“组织”不仅包括企业、事业单位，还包括行政机关、行政机构等。
在行政法学上，行政机关属于职权行政主体，被法律法规授权的组织属于授权行政主体。在行政协议中，只有行政机关和法律、法规和规章授权组织才能成为作为行政协议一方行政主体的缔约主体。
“行政机关委托的组织所作的行政行为，委托的行政机关是被告”的规定，因行政机关委托的组织订立的行政协议发生纠纷的，委托的行政机关是被告。
行政协议诉讼的原告：对于行政协议诉讼，基于我国《行政诉讼法》“民告官”的法律定位，原被告法律地位是恒定的。行政协议诉讼只解决行政机关一方不履行行政协议的情况，没有将行政相对人一方不履行协议纳入《行政诉讼法》解决，主要是考虑到以下因素：（1）这类争议主要是由于行政机关一方不履行或者未按照约定履行协议引起的；（2）行政相对人一方不履行协议，行政机关可以通过其他途径解决。
如对特许经营者不按照协议约定提供公共服务的，行政机关可以取消特许经营，这也是行政协议区别于民事合同的重要之处；（3）如果规定行政机关可以作原告，与《行政诉讼法》的性质不符合，与《行政诉讼法》的规定也不相适应。《行政诉讼法》只规定了行政相对人可以起诉行政机关。在行政协议诉讼中，原告只能是行政协议的相对人或者利害关系人，被告只能是作为行政协议当事人一方的行政机关。
行政协议由于是为了实现行政管理目标或公共服务目的，意味着行政协议的履行主要是为了行政管理等公法目标。这些公法目标，表明行政协议之订立，不仅需要考虑行政机关和行政相对人的利益，而且还要考虑国家利益和协议外行政管理或公共服务针对的公民、法人或其他组织的利益。从这个意义上讲，行政协议基本上都是利他协议、涉他协议。
行政协议在订立时，需要考虑国家利益、社会公共利益、行政管理目标、公共服务目标，这些考虑因素均构成了行政协议在订立时的“考虑因素”。在行政法上，这些“考虑因素”就属于法院在判断是否具有利害关系的重要标准。在对高速公路项目的招投标过程中，参与招投标的公民、法人或者其他组织对于行政协议的订立具有“公平竞争权”。公平竞争权人是行政机关订立协议时的考虑因素，行政机关违反“公开公平公正”行政程序侵犯公平竞争权人利益的，公平竞争权人具有行政协议诉讼的原告资格。
