行政协议本质上属于契约，与民事合同具有许多相同点，比如无论是行政协议还是民事合同，权利、义务都是两方或多方主体之间协商一致的，甚至有民法专家认为行政协议本身即是一种特殊的民事合同，只能受合同法等民事法律规范的调整。“行政合同究竟如何定义，其规范的对象是什么，恐怕仍是个有待讨论的问题，即便存在行政合同，也要有合同法调整。”
行政协议（合同）与民事合同之间存在较大差别，只有区别对待，才有利于这两类合同纠纷的处理。特别是随着单方行政向契约化行政的转变，难以为私法原理和规范所调整的行政合同在行政管理中的实际应用已是不争的事实”。
普遍认为，关于二者区别，主要表现为以下六点：
第一，行政协议是行政机关为了实现行政管理或者公共服务目标，与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议；而民事合同是平等主体的自然人、法人、非法人组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。
第二，行政协议可以约定管辖，不能约定仲裁；而民事合同既可以约定管辖，也可以约定仲裁。第三，行政协议签订的一方必然是行政主体，民事合同无此要求。第四，行政协议双方当事人的法律地位并不完全平等，且行政主体享有行政优益权；而民事合同双方地位平等。
第五，行政协议无效的情形指《行政诉讼法》上规定的“重大且明显违法情形”，也可以适用民事法律规范确认行政协议无效，其可撤销情形也适用民事法律规范关于可撤销情形的规定。而民事合同无效及可撤销的情形则由《民法典》等民事法律规范进行规定。第六，法院审理行政协议案件，可以参照适用民事法律规范关于民事合同的相关规定。而审理民事合同案件，则只能适用民事法律规范。
行政协议与民事合同最主要的区别在于是否具有行政法上的权利义务关系，即主要区别是客体而非主体，是内容而非名称，是实质而非外观，具体可从三个方面判断：是否具有行使行政职权、履行行政职责的内容；是否为实现公共利益或行政管理的目标；行政机关依据协议约定或法律规定是否享有单方解除、变更协议等行政优益权。
