因行政机关对林地、林木所有权或者使用权所作的确权决定引发的争议，或者因登记机构拒绝登记、错误登记林地、林木登记行为引发的争议，属于行政争议，应当通过行政诉讼解决。在涉及行政许可、登记、征收、征用和行政机关对民事争议所作的裁决的行政诉讼中，当事人申请一并解决相关民事争议的，人民法院可以一并审理。
在行政诉讼中，人民法院认为行政案件的审理需以民事诉讼的裁判为依据的，可以裁定中止行政诉讼。人民法院在当事人提起的民事诉讼中无法对行政确权决定等行政行为的效力作出评判，易出现审判权与行政权的冲突。采取行政附带民事诉讼的方式可以一并解决行政行为的合法性以及林权归属、内容等相关民事争议，实质性解决纠纷。
司法实践中有一个误区，认为只要是林地、林木的归属或内容发生争议，即属于《森林法》规定的权属争议，须由人民政府先行处理。准确认识不动产登记的法律性质，需要正确区分不动产登记与行政确权之间的关系。在土地、林地、草原、滩涂等自然资源领域，根据法律规定，存在人民政府进行权属确认的程序。《土地管理法》《森林法》《草原法》等法律中关于“登记造册、核发证书”的规定，仅指人民政府为建立地籍簿而进行的登记发证行为，即关于自然资源所有权与使用权的“总登记”，非指《民法典》物权编中的不动产登记发证行为。
“土地登记分为初始土地登记和变更土地登记。初始土地登记又称总登记，是指在一定时间内，对辖区全部土地或者特定区域的土地进行的普遍登记；变更土地登记，是指初始土地登记以外的土地登记，包括土地使用权、所有权和土地他项权利设定登记，土地使用权、所有权和土地他项权利变更登记，名称、地址和土地用途变更登记，注销土地登记等”。政府对林地等自然资源进行登记造册、核发证书的前提之一，是不得存在权属争议，如有争议则须先行提请行政机关对存在争议的自然资源的所有权或者使用权进行确权，确权后方可凭确权文件进行登记。
